原文地址：http://www.chemj.cn/viewthread.php?action=printable&tid=20684


MolEdit：http://159.149.163.21/moledit.htm
簡(jiǎn)介：在線繪制2D結(jié)構(gòu)，自動(dòng)轉(zhuǎn)化為三維坐標(biāo)文件，支持格式很多。

√ E-Babel：http://www.vcclab.org/lab/babel
簡(jiǎn)介：相當(dāng)于在線版的Babel，可以支持幾十種結(jié)構(gòu)文件格式的轉(zhuǎn)換。注意不要打開(kāi)瀏覽器彈出窗口過(guò)濾功能。

√ Opal Dashboard：http://ws.nbcr.net/opal2/GetServicesList.do
簡(jiǎn)介：一大批軟件的在線計(jì)算工具，包括MEME（搜索一組DNA/蛋白序列中的基序），APBS（解PB方程得到靜電勢(shì)分布、溶解自由 能），PDB2PQR（往pdb格式中添加原子半徑信息，轉(zhuǎn)為apbs等軟件所需的pqr文件），Prepare receptor/GPF（創(chuàng)建pdbqt、GPF文件），Autogrid（計(jì)算autodock所需的格點(diǎn)文件），Autodock（分子對(duì) 接），F(xiàn)IMO，GLAM2，GLAM，GOMO。

在線版PDB2PQR：http://nbcr.sdsc.edu/pdb2pqr

Prodrg 2.5：http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg_beta
簡(jiǎn)介：輸入結(jié)構(gòu)或者在線繪制結(jié)構(gòu)，生成gromacs等軟件的拓?fù)湮募约凹舆^(guò)氫的pdb、gro、mol結(jié)構(gòu)文件。支持gromos87/96力場(chǎng)，支持結(jié)構(gòu)優(yōu)化。

Karlsberg+：http://agknapp.chemie.fu-berlin.de/karlsberg/index.php
簡(jiǎn)介：基于線性PB方程在線計(jì)算蛋白質(zhì)Pka

PROPKA：http://propka.ki.ku.dk
簡(jiǎn)介：輸入PDB ID或者上傳pdb文件，計(jì)算PKa。輸出結(jié)果包括每個(gè)殘基的Pka，不同PH下的蛋白去折疊化能、最穩(wěn)定時(shí)的PH值，折疊與去折疊時(shí)在不同PH下所帶電 荷、等電點(diǎn)PH、緩沖能力。雖然獨(dú)立狀態(tài)的氨基酸的PKa是已知的，但在蛋白中由于受到周圍其它氨基酸的影響PKa會(huì)發(fā)生改變，故此程序有助于正確判斷在 不同PH環(huán)境下模擬蛋白質(zhì)時(shí)氨基酸所應(yīng)處的質(zhì)子化態(tài)。

H++：http://biophysics.cs.vt.edu/H++
簡(jiǎn)介：通過(guò)隱式溶劑(GB/PB)和分子力學(xué)模型計(jì)算Pk，并根據(jù)指定PH自動(dòng)將結(jié)構(gòu)質(zhì)子化

ProBuilder：http://159.149.163.21/probuilder.htm
簡(jiǎn)介：輸入蛋白質(zhì)序列和預(yù)期的二級(jí)結(jié)構(gòu)生成蛋白結(jié)構(gòu)文件

PDBsum：http://www.ebi.ac.uk/pdbsum
簡(jiǎn)介：輸入PDB ID或者序列，顯示蛋白質(zhì)信息、基本結(jié)構(gòu)特征、結(jié)構(gòu)出處的文獻(xiàn)摘要，可調(diào)用PROCHECK分析結(jié)構(gòu)，可在線觀看3D結(jié)構(gòu)。

√ PLATINUM：http://model.nmr.ru/platinum
簡(jiǎn)介：此程序基于分子疏水勢(shì)的概念。上傳受體/配體結(jié)構(gòu)文件后計(jì)算，會(huì)顯示分子總面積、極性面積、非極性面積的大小。得到的疏水勢(shì)格點(diǎn)文件可保存也可以在 線自動(dòng)調(diào)用Jmol觀看，以不同顏色描述分子的疏水/親水性質(zhì)，可以直觀了解受、配體不同方式的的結(jié)合能力。對(duì)于脂體系可以顯示2D疏水圖。

√√ MarvinSketch：http://www.chemaxon.com/marvin/sketch/index.jsp
簡(jiǎn)介：一款功能強(qiáng)大的繪制分子結(jié)構(gòu)、反應(yīng)式并計(jì)算相關(guān)性質(zhì)的軟件的在線版，需要java運(yùn)行環(huán)境，載入較慢。可自行繪制也可以直接通過(guò)名字生成結(jié)構(gòu) (edit-import name)，可以直接從模版庫(kù)/基團(tuán)庫(kù)中插入結(jié)構(gòu)(insert-template library/group)，可以保存結(jié)構(gòu)文件到本地。可以顯示周期表(view-periodic table)，獲得smile字符串(選中分子，edit-save as smile，然后隨便找個(gè)文本框paste)，顯示3D結(jié)構(gòu)(view-Open MarvinView3D/Space)，給出結(jié)構(gòu)的名字(tools-Naming)，得到分子式、分子量、元素組成(tools-Elemental analysis)，繪制滴定曲線、計(jì)算PKa、等電點(diǎn)、獲得指定PH環(huán)境下的被質(zhì)子化/去質(zhì)子化后的結(jié)構(gòu)(tools-Protonation)，計(jì)算 LogP、LogD(tools-partitioning)，計(jì)算原子電荷、極化率、軌道電負(fù)性(tools-charge)，獲得互變異構(gòu)體、立體異 構(gòu)體(tools-isomers)，計(jì)算各個(gè)異構(gòu)體的能量、做簡(jiǎn)單分子動(dòng)力學(xué)(tools-conformation)，結(jié)構(gòu)拓?fù)浞治觥?yōu)化并計(jì)算能 量、計(jì)算SASA(tools-geometry)，顯示氫鍵供體/受體原子數(shù)目、Huckel分析、計(jì)算折射率、顯示共振結(jié)構(gòu)、獲得結(jié)構(gòu)框架 (tools-other)。在程序下方文本框中可以使用Chemical term語(yǔ)言編寫(xiě)表達(dá)式來(lái)通過(guò)性質(zhì)篩選分子、計(jì)算屬性。亦可免費(fèi)下載此軟件的單機(jī)版。

MarvinSpace：http://www.chemaxon.com/marvinspace/applet.html
簡(jiǎn)介：在線的基于java的分子可視化程序，使用Opengl庫(kù)，支持pdb、mol和cub格點(diǎn)文件。可用NewCartoon等方式顯示蛋白質(zhì)骨架結(jié)構(gòu)，可以用幾種方式顯示分子表面，并在上面用顏色顯示包括靜電勢(shì)在內(nèi)的幾種信息。缺點(diǎn)是程序載入很慢。

REDS(RESP ESP charge Derive Server)：http://q4md-forcefieldtools.org/REDS
簡(jiǎn)介：在線計(jì)算RESP電荷，注冊(cè)十分麻煩。

計(jì)算RRKM反應(yīng)速率：http://phd.marginean.net/rrkm.html

DynDom：http://fizz.cmp.uea.ac.uk/dyndom/runDescription.jsp
簡(jiǎn)介：輸如蛋白質(zhì)分子的兩個(gè)構(gòu)象，可分析出構(gòu)象變化所繞著的旋轉(zhuǎn)軸，以及導(dǎo)致結(jié)構(gòu)變化的關(guān)鍵殘基。結(jié)果可以用rasmol程序顯示。

StrucTools：http://helixweb.nih.gov/structbio/basic.html
簡(jiǎn)介：可以繪制蛋白質(zhì)二級(jí)序列圖，計(jì)算主鏈氫鍵，繪制B因子-殘基圖，計(jì)算殘基所占體積并繪圖，計(jì)算殘基SASA，做Ramachandran圖，做蛋白質(zhì)旋轉(zhuǎn)的gif/mpeg動(dòng)畫(huà)。

TarFisDock(Target Fishing Dock)：http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock
簡(jiǎn)介：反向?qū)映绦颍峁┬》肿咏Y(jié)構(gòu)，尋找受體蛋白。國(guó)內(nèi)可能需要國(guó)外代理才能訪問(wèn)，速度比較慢。

VRML File Creator：http://cactus.nci.nih.gov/vrmlcreator
簡(jiǎn)介：通過(guò)smile字符串或者結(jié)構(gòu)文件，創(chuàng)建VRML(.wrl)文件。比如可以導(dǎo)入Acrobat 3D，在pdf文檔中演示分子的立體結(jié)構(gòu)。

w3DNA：http://w3dna.rutgers.edu
簡(jiǎn)介：輸入核酸PDB ID或上傳結(jié)構(gòu)文件，分析其堿基結(jié)構(gòu)參數(shù)。

WebMO：http://www.webmo.net/demo/index.html
簡(jiǎn)介：提供了友好的GUI界面，可以在線繪制或?qū)虢Y(jié)構(gòu)并調(diào)用服務(wù)器上的Gaussian、Gamess、Mopac、Molpro、NWChem、 QChem、Tinker程序進(jìn)行量化/分子力學(xué)計(jì)算。對(duì)于免費(fèi)用戶WebMO提供了guest帳戶登入，但運(yùn)算時(shí)間限制在60秒以內(nèi)，在缺乏計(jì)算條件下 可以應(yīng)急使用。

估算REMD模擬適宜的溫度設(shè)定：http://folding.bmc.uu.se/remd

在線蛋白質(zhì)分析工具列表：http://www.bioinf.org.uk/servers

PBT Profiler：http://www.pbtprofiler.net
簡(jiǎn)介：輸入化合物代碼或在線繪制結(jié)構(gòu)，快速預(yù)測(cè)此化合物對(duì)環(huán)境污染的情況，包括在各種環(huán)境下的半衰期和分布狀況、生物累積性、毒性等。

√ WHAT IF：http://swift.cmbi.ru.nl/servers/html/index.html
簡(jiǎn)介：提供了十分豐富的蛋白質(zhì)模擬相關(guān)工具。包括同源模建、檢查和修復(fù)蛋白結(jié)構(gòu)、殘基突變、蛋白結(jié)構(gòu)分析、可及表面計(jì)算、分析氫鍵、補(bǔ)全質(zhì)子、原子間不正當(dāng)接觸檢測(cè)、計(jì)算鹽橋、生成FlexDock輸入文件等等。