??xml version="1.0" encoding="utf-8" standalone="yes"?> Click and drag to rotate (left mouse button), zoom/twist (right button) or translate (middle button). The scroll wheel can also be used to zoom. Developed by Noel O'Boyle (Github repository here). To include a twirlymol in your own web page or blog post, please see this blog post or the HTML and Javascript source of this webpage.
2. chemwriterQ这个看h也不错。(商业Q?br />
3. ChemAxon公司的Marvin4JSQ个Z非专业角度感觉用h比较ȝ。(商业Q?br />
4. 比较出名的JME的兄弟JSMEQ免费,好用Q功能弱了点而已。个人比较喜Ƣ。(免费Q?br />
5. GGA?span style="color: #343030; font-family: Verdana, Geneva, Tahoma, sans-serif; font-size: 12px; line-height: 17px; background-color: #ffffff;">KetcherQ免费,使用有点马马虎虎?/span>Q免费)
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有没有hxq个行业的痛根呢Q到时是什么,如何解决?img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/419451.html" width = "1" height = "1" />
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通过以上代码Q我们就可以把fingerprint的D出来,然后存储到MySQL数据库中了?br />q行怼度搜索的时候,值需要取出已l存储的D行比对就可以了?br />
W者测试了187586条结构数据,大概需?2U左叻I基本满一般需求?/div>
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其大概意思就是先通过Fingerprintq行{选,q样可以快速的{选掉一部分数据Q对于复杂结构更有效Q另外就是根据原子个数或者特D原子个数进行比较,如果查询l构包含三个“N”原子Q那么所要查询出的结构所含有“N”的个数必d于等?Q这样对于包含一些特D元素的效果是特别的好;q有是Ҏ分子的一些性质q行{选过滤,比如芳香性等Q最后再q行匚wQ这样一来对于复杂结构以及含Ҏ元素的查询速度会提高很多?br /> 最后文章中q给出测试数据,从中可以看出Q速度一般提高了三倍左叻I
Name
SMILES
Correct
FP
Triage
Before
After
Latest
Propane
CCC
65337
66352
42411
42.59
17.99
14.34
Selenium
[Se]
246
995
225
0.80
0.83
0.52
Benzene
c1ccccc1
79426
79486
50893
72.69
27.56
20.29
Methane
C
118519
118524
118511
61.29
5.47
4.25
Amido
NC=O
25695
26975
14702
18.89
9.84
8.16
Methylbenzene
Cc1ccccc1
54529
56869
20490
54.76
35.58
25.90
Carboxy
OC=O
33009
34369
17809
23.86
12.48
10.24
Chlorine
Cl
19424
23318
19424
11.23
1.38
1.12
Cyclopropane
C1CC1
863
4358
484
8.24
7.78
5.02
Biphenyl
c1ccccc1c2ccccc2
2967
5142
146
21.94
21.65
11.44
Dopamine
NCCc1ccc(O)c(O)c1
829
913
23
1.85
2.09
1.47
Sulfisoxazole
7
8
3
0.50
0.88
0.51
BetaCarotene
2
16
1
0.48
0.68
0.58
Nitrofurantoin
0
0
0
0.42
0.58
0.52
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A minimal molecular viewer
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Frowns is a chemoinformatics toolkit geared toward rapid development of chemistry related algorithms. It is written in almost 100% Python with a small portion written in C++.
Frowns is loosely based on the PyDaylight API that Andrew Dalke wrote to wrap the daylight C API. In some cases programs written using PyDaylight will also work under Frowns with a few minor changes. A good overview of PyDaylight is available at here.
A good place to look at what Smarts and Smiles are is at the daylight web site located at http://www.daylight.com/
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MolEditQ?a target="_blank">http://159.149.163.21/moledit.htm
介:在线l制2Dl构Q自动{化ؓ三维坐标文gQ支持格式很多?br />
√ E-BabelQ?a target="_blank">http://www.vcclab.org/lab/babel
介:相当于在U版的BabelQ可以支持几十种l构文g格式的{换。注意不要打开览器弹出窗口过滤功能?br />
√ Opal DashboardQ?a target="_blank">http://ws.nbcr.net/opal2/GetServicesList.do
介:一大批软g的在U计工P包括MEMEQ搜索一lDNA/蛋白序列中的基序Q,APBSQ解PB方程得到静电势分布、溶解自?能)QPDB2PQRQ往pdb格式中添加原子半径信息,转ؓapbs{Y件所需的pqr文gQ,Prepare receptor/GPFQ创建pdbqt、GPF文gQ,AutogridQ计autodock所需的格ҎӞQAutodockQ分子对 接)QFIMOQGLAM2QGLAMQGOMO?br />
在线版PDB2PQRQ?a target="_blank">http://nbcr.sdsc.edu/pdb2pqr
Prodrg 2.5Q?a target="_blank">http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg_beta
介:输入l构或者在U绘制结构,生成gromacs{Y件的拓扑文gQ以及加q氢的pdb、gro、moll构文g。支持gromos87/96力场Q支持结构优化?br />
Karlsberg+Q?a target="_blank">http://agknapp.chemie.fu-berlin.de/karlsberg/index.php
介:ZU性PB方程在线计算蛋白质Pka
PROPKAQ?a target="_blank">http://propka.ki.ku.dk
介:输入PDB ID或者上传pdb文gQ计PKa。输出结果包括每个残基的PkaQ不同PH下的蛋白L叠化能、最E_时的PH|折叠与去折叠时在不同PH下所带电 荗等늂PH、缓冲能力。虽然独立状态的氨基酸的PKa是已知的Q但在蛋白中׃受到周围其它氨基酸的影响PKa会发生改变,故此E序有助于正判断在 不同PH环境下模拟蛋白质时}基酸所应处的质子化态?br />
H++Q?a target="_blank">http://biophysics.cs.vt.edu/H++
介:通过隐式溶剂(GB/PB)和分子力学模型计PkQƈҎ指定PH自动结构质子化
ProBuilderQ?a target="_blank">http://159.149.163.21/probuilder.htm
介:输入蛋白质序列和预期的二U结构生成蛋白结构文?br />
PDBsumQ?a target="_blank">http://www.ebi.ac.uk/pdbsum
介:输入PDB ID或者序列,昄蛋白质信息、基本结构特征、结构出处的文献摘要Q可调用PROCHECK分析l构Q可在线观看3Dl构?br />
√ PLATINUMQ?a target="_blank">http://model.nmr.ru/platinum
介:此程序基于分子疏水势的概c上传受?配体l构文g后计,会显C分子总面U、极性面U、非极性面U的大小。得到的疏水势格Ҏ件可保存也可以在 U自动调用Jmol观看Q以不同颜色描述分子的疏?亲水性质Q可以直观了解受、配体不同方式的的结合能力。对于脂体系可以昄2D疏水图?br />
√√ MarvinSketchQ?/span>http://www.chemaxon.com/marvin/sketch/index.jsp
介:一Ƒ֊能强大的l制分子l构、反应式q计相x质的Y件的在线版,需要javaq行环境Q蝲入较慢。可自行l制也可以直接通过名字生成l构 (edit-import name)Q可以直接从模版?基团库中插入l构(insert-template library/group)Q可以保存结构文件到本地。可以显C周期表(view-periodic table)Q获得smile字符?选中分子Qedit-save as smileQ然后随便找个文本框paste)Q显C?Dl构(view-Open MarvinView3D/Space)Q给出结构的名字(tools-Naming)Q得到分子式、分子量、元素组?tools-Elemental analysis)Q绘制滴定曲Uѝ计PKa、等늂、获得指定PH环境下的被质子化/去质子化后的l构(tools-Protonation)Q计?LogP、LogD(tools-partitioning)Q计原子电荗极化率、轨道电负?tools-charge)Q获得互变异构体、立体异 构体(tools-isomers)Q计各个异构体的能量、做单分子动力学(tools-conformation)Q结构拓扑分析、优化ƈ计算?量、计SASA(tools-geometry)Q显C氢键供?受体原子数目、Huckel分析、计折率、显C共振结构、获得结构框?(tools-other)。在E序下方文本框中可以使用Chemical term语言~写表达式来通过性质{选分子、计属性。亦可免费下载此软g的单机版?br />
MarvinSpaceQ?a target="_blank">http://www.chemaxon.com/marvinspace/applet.html
介:在线的基于java的分子可视化E序Q用Opengl库,支持pdb、mol和cub格点文g。可用NewCartoon{方式显C白质骨架l构Q可以用几种方式昄分子表面Qƈ在上面用颜色昄包括静电势在内的几种信息。缺ҎE序载入很慢?br />
REDS(RESP ESP charge Derive Server)Q?a target="_blank">http://q4md-forcefieldtools.org/REDS
介:在线计算RESP电荷Q注册十分麻烦?br />
计算RRKM反应速率Q?a target="_blank">http://phd.marginean.net/rrkm.html
DynDomQ?a target="_blank">http://fizz.cmp.uea.ac.uk/dyndom/runDescription.jsp
介:输如蛋白质分子的两个构象Q可分析出构象变化所l着的旋转uQ以及导致结构变化的关键D基。结果可以用rasmolE序昄?br />
StrucToolsQ?a target="_blank">http://helixweb.nih.gov/structbio/basic.html
介:可以l制蛋白质二U序列图Q计主链氢键,l制B因子-D基图,计算D基所占体Uƈl图Q计残基SASAQ做Ramachandran图,做蛋白质旋{的gif/mpeg动画?br />
TarFisDock(Target Fishing Dock)Q?a target="_blank">http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock
介:反向ҎE序Q提供小分子l构Q寻扑֏体蛋白。国内可能需要国外代理才能访问,速度比较慢?br />
VRML File CreatorQ?a target="_blank">http://cactus.nci.nih.gov/vrmlcreator
介:通过smile字符串或者结构文Ӟ创徏VRML(.wrl)文g。比如可以导入Acrobat 3DQ在pdf文档中演C分子的立体l构?br />
w3DNAQ?a target="_blank">http://w3dna.rutgers.edu
介:输入栔RPDB ID或上传结构文Ӟ分析其碱基结构参数?br />
WebMOQ?a target="_blank">http://www.webmo.net/demo/index.html
介:提供了友好的GUI界面Q可以在U绘制或导入l构q调用服务器上的Gaussian、Gamess、Mopac、Molpro、NWChem?QChem、TinkerE序q行量化/分子力学计算。对于免费用户WebMO提供了guest帐户dQ但q算旉限制?0U以内,在缺乏计条件下 可以应急用?br />
估算REMD模拟适宜的温度设定:http://folding.bmc.uu.se/remd
在线蛋白质分析工具列表:http://www.bioinf.org.uk/servers
PBT ProfilerQ?a target="_blank">http://www.pbtprofiler.net
介:输入化合物代码或在线l制l构Q快速预此化合物对环境污染的情况,包括在各U环境下的半衰期和分布状c生物篏U性、毒性等?br />
√ WHAT IFQ?a target="_blank">http://swift.cmbi.ru.nl/servers/html/index.html
介:提供了十分丰富的蛋白质模拟相兛_兗包括同源模建、检查和修复蛋白l构、残基突变、蛋白结构分析、可及表面计、分析氢键、补全质子、原子间不正当接触检、计盐桥、生成FlexDock输入文g{等?img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/349235.html" width = "1" height = "1" />
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Β β beta beta 贝塔
Γ γ gamma gamma 伽马
Δ δ deta delta 徯_
Ε ε epsilon epsilon 艾普襉K
Ζ ζ zeta zeta 截塔
Η η eta eta 艑֡
Θ θ theta θita 西塔
Ι ι iota iota U塔
Κ κ kappa kappa 卡帕
?nbsp; λ lambda lambda 兰姆?/p>
Μ μ mu miu ~?/p>
Ν ν nu niu U?/p>
Ξ ξ xi ksi 可塞
Ο ο omicron omikron 奥密可戎
∏ π pi pai z?/p>
Ρ ρ rho rou ?/p>
?nbsp; σ sigma sigma 西格?/p>
Τ τ tau tau ?/p>
Υ υ upsilon jupsilon 衣普襉K
Φ φ phi fai ?/p>
Χ χ chi khai ?/p>
Ψ ψ psi psai 普西
Ω ω omega omiga Ƨ米?br />
Q?Q数量符P如:iQ?+iQaQxQ自然对数底eQ圆周率π?br />
Q?Q运符P如加PQ)Q减PQ)Q乘P×?#183;Q,除号Q?#247;或/Q,两个集合的ƈ集(∪Q,交集Q?#8745;Q,根号Q?#8730;Q,ҎQlogQlgQlnQ,比(Q)Q微分(dxQ,U分Q?#8747;Q等?br />
Q?Q关pȝP?#8220;Q?#8221;是等P“?#8221;是近似符P“≠”是不{号Q?#8220;Q?#8221;是大于符P“Q?#8221;是小于符P“→ ”表示变量变化的趋势,“?#8221;是相似符P“?#8221;是全{号Q?#8220;?#8221;是^行符P“⊥”是垂直符P“∝”是反比例W号Q?#8220;∈”是属于符P“C”?#8220;C下面加一?#8221;?#8220;包含”W号{?br />
Q?Q结合符P如圆括号“Q)”Ҏ?#8220;Q]”Q花括号“{}”括线“?#8221;
Q?Q性质W号Q如正号“Q?#8221;Q负?#8220;Q?#8221;Q绝对值符?#8220;?#8221;
Q?Q省略符P如三角ŞQ△Q,正uQsinQ,余uQcosQ,x的函敎ͼf(x)Q,极限QlimQ,因ؓQ∵Q,所以(∴Q,dQ∑Q,q乘Q?#8719;Q,从n个元素中每次取出r个元素所有不同的l合敎ͼC(r)(n) Q,q(AQAcQAqQx^nQ,阶乘Q!Q等?br />
数学W号的意?/strong>
W号 意义
∞ 无穷?br />
π 圆周?br />
|x| l对?br />
∪ q
∩ 交集
≥ 大于{于
≤ 于{于
≡ 恒等于或同余
ln(x) 以e为底的对?
lg(x) ?0为底的对?br />
floor(x) 上取整函?br />
ceil(x) 下取整函?br />
x mod y 求余?br />
x - floor(x) 数部分
∫f(x)dx 不定U分
∫[a:b]f(x)dx a到b的定U分
数学W号的应?/strong>
P为真{于1否则{于0
∑[1≤k≤n]f(k) 对nq行求和,可以拓广臛_多情?br />
如:∑[n is prime][n < 10]f(n)
∑∑[1≤i≤j≤n]n^2
lim f(x) (x->?) 求极?br />
f(z) f关于z的m阶导函数
C(n:m) l合?n中取m
P(n:m) 排列?
m|n m整除n
m⊥n m与n互质
a ∈ A a属于集合A
#A 集合A中的元素个数
package com.founder.opsin;
import nu.xom.Element;
import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin.NameToInchi;
import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin.NameToStructure;
import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin.NameToStructureConfig;
import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin.NameToStructureException;
import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin.OpsinResult;
public class OpsinTest {
/**
* @param args
* @author Zhou Rui
* @throws NameToStructureException
*/
public static void main(String[] args) throws NameToStructureException {
NameToStructure n2s = NameToStructure.getInstance();
NameToStructureConfig n2sconfig = new NameToStructureConfig();
OpsinResult result = n2s.parseChemicalName("acetonitrile", n2sconfig);
System.out.println(result.getStatus());
String smiles = result.getSmiles();
String inchi = NameToInchi.convertResultToInChI(result);
System.out.println(smiles);
System.out.println(inchi);
}
}
输出l果如下Q?br />
SUCCESS
C(C)#N
InChI=1/C2H3N/c1-2-3/h1H3
计算插gQ脂水分配系?/span>/考虑电解时的脂水分配pL、极性表面积、溶解性、电解常数?/span>Lipinski五规则)
All are supported except solubility, in JChemBase, Cartridge, Knime, Pipeline pilot, Instant JChem, Jchem for Excel and in Marvin. See full list of our property predictors.Calculating Lipinski rule of 5:
2. Bulid and maintain project data viewer (SAR understanding)
SAR: structure-activity relationship, l果与活性关p,U构效关p?/span>
We have R-group decomposition, also a viewer in JChem for Excel, LibMCS GUI. That can be used for SAR understanding.
3. Library enumeration, cleanup, profile and analysis
Reactor, Screen, Calculator plugins, Markush Enumeration, Instant JChem, JChem for Excel, KNIME, Pipeline pilot
Some presentations on the topic:
Virtual Libraries and Virtual Screening in Drug Discovery Processes using KNIME
Library Compound Design Methods for CustomLibrary Synthesis
4. Customized Spotfire view
Yes this is the TIBCO Spotfire tool. Marvin is integrated into Spotfire, I think even JChem Cartridge can communicate with Spotfire, our new project is Instant JChem Integration which is under development
5.Similarity search
Yes, JChemBase, Cartridge, Instant JChem, JChem for Excel Similarity search in databases
For a more sophisticated approach of similarity, we provide the Screen package.
6.Clustering
JKlustor, LibMCS
7.Generate SAR Tables
生成构效关系表格
We do not support directly but we have Rgroup decomposition, Fragmentation toolkit that can be visualized and analysed later.
8.Ligand binding Efficiency
配体l合效果
LE can be calculated if the database contains the activity value, heavy atom counts can be calculated in JChem for Excel, Instant Jchem
9.Structure visualization
l构可视?/span>
Marvin
10.Overlay/Docking
叠合/Ҏ
No, we do not support docking. Alignment can be done in Marvin, Screen3D, and a standalone GUI for low throughput screening.
11.Build predictive ADMET models
建立预测ADMET模型?/span>ADMET分别代表吸收、分布、代谢、排泄和毒性?/span>
We do not support directly, although we have some calculation plugins that can be further used for these property calculations such as pKa, logP/D, Atom counts, PSA.