??xml version="1.0" encoding="utf-8" standalone="yes"?>国产福利在线观看,你懂的在线免费观看,久久久久一区二区三区四区http://www.aygfsteel.com/rain1102/category/37632.html<br/><font color="green" style="font-family: 华文行楷;font-size:16px;">化学l构搜烦Q化学信息学Q生物信息学Q实验室信息学等 ?lt;/font><br/><font color="#3C1435">以高U技的生物、化学信息技术实现生命科学领域中专业数据的计和理、提高研发能力、增强在U研和成本效率方面的国际竞争力,为生物、化学、医药和学术机构提供一的解决Ҏ和技术咨询?lt;/font><br/> <br/><font color="green" style="font-family: 华文行楷;font-size:16px;">子曰Q危邦不入,乱邦不居。天下有道则见,无道则隐?lt;/font><font color="#3C1435"></font><br/> zh-cnSat, 08 Nov 2014 01:14:22 GMTSat, 08 Nov 2014 01:14:22 GMT60几家ZHTML5的化学结构式~辑器截?/title><link>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2014/11/06/419617.html</link><dc:creator>周锐</dc:creator><author>周锐</author><pubDate>Thu, 06 Nov 2014 13:10:00 GMT</pubDate><guid>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2014/11/06/419617.html</guid><wfw:comment>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/419617.html</wfw:comment><comments>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2014/11/06/419617.html#Feedback</comments><slash:comments>0</slash:comments><wfw:commentRss>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/419617.html</wfw:commentRss><trackback:ping>http://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/419617.html</trackback:ping><description><![CDATA[1. 首先上的是朋友Tony搞的QJSDrawQ不知道是因为朋友还是因为国人,L觉它q个设计的是最漂亮的,而且非常好用。(商业Q?br /><img src="http://www.aygfsteel.com/images/blogjava_net/rain1102/jsdraw.png" width="717" height="371" alt="" /><br />2. chemwriterQ这个看h也不错。(商业Q?br /><img src="http://www.aygfsteel.com/images/blogjava_net/rain1102/chemwriter.png" width="624" height="358" alt="" /><br />3. ChemAxon公司的Marvin4JSQ个Z非专业角度感觉用h比较ȝ。(商业Q?br /><img src="http://www.aygfsteel.com/images/blogjava_net/rain1102/marvin4js.png" width="598" height="424" alt="" /><br /><br />4. 比较出名的JME的兄弟JSMEQ免费,好用Q功能弱了点而已。个人比较喜Ƣ。(免费Q?br /><img src="http://www.aygfsteel.com/images/blogjava_net/rain1102/jsme.png" width="554" height="396" alt="" /><br />5. GGA?span style="color: #343030; font-family: Verdana, Geneva, Tahoma, sans-serif; font-size: 12px; line-height: 17px; background-color: #ffffff;">KetcherQ免费,使用有点马马虎虎?/span>Q免费)<br /><span style="color: #343030; font-family: Verdana, Geneva, Tahoma, sans-serif; font-size: 12px; line-height: 17px; background-color: #ffffff;"><img src="http://www.aygfsteel.com/images/blogjava_net/rain1102/Ketcher.png" width="748" height="504" alt="" /><br /><br /><br /></span><img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/419617.html" width = "1" height = "1" /><br><br><div align=right><a style="text-decoration:none;" href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/" target="_blank">周锐</a> 2014-11-06 21:10 <a href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2014/11/06/419617.html#Feedback" target="_blank" style="text-decoration:none;">发表评论</a></div>]]></description></item><item><title>化学试剂电商q_http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2014/11/03/419451.html周锐周锐Mon, 03 Nov 2014 07:35:00 GMThttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2014/11/03/419451.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/419451.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2014/11/03/419451.html#Feedback0http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/419451.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/419451.html
有没有hxq个行业的痛根呢Q到时是什么,如何解决?img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/419451.html" width = "1" height = "1" />

周锐 2014-11-03 15:35 发表评论
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化合物相似?指纹QFingerprintQ?/title><link>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/06/30/353435.html</link><dc:creator>周锐</dc:creator><author>周锐</author><pubDate>Thu, 30 Jun 2011 06:13:00 GMT</pubDate><guid>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/06/30/353435.html</guid><wfw:comment>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/353435.html</wfw:comment><comments>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/06/30/353435.html#Feedback</comments><slash:comments>0</slash:comments><wfw:commentRss>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/353435.html</wfw:commentRss><trackback:ping>http://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/353435.html</trackback:ping><description><![CDATA[<div>化合物相似性,有时候也会说分子怼性,是指两个分子或者化合物在结构上的相似程度,而相似化合物一般在化学反应上的效果cMQ以及在生物zL(biological activityQ上面也会有同样的作用?br /> 在计化合物怼性的q程中,使用的是分子指纹Qmolecular fingerprintQ来q行比较。比较两个化合物分子指纹Ӟ最常用的是杰卡L敎ͼTanimoto(or Jaccard) coefficient Q?em>T</em>来度量其怼E度。若两个化学l构的指U的<em>T</em>>0.85Q一般就视ؓ怼的?br /> 以相似性ؓ基础可以q行虚拟{选(virtual screeningQ,是一Uligand-based的虚拟筛选,Z要在上百万中化合物数据库中进行高效的怼性筛选,通过使用指纹比对效率最为高效?/div><img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/353435.html" width = "1" height = "1" /><br><br><div align=right><a style="text-decoration:none;" href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/" target="_blank">周锐</a> 2011-06-30 14:13 <a href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/06/30/353435.html#Feedback" target="_blank" style="text-decoration:none;">发表评论</a></div>]]></description></item><item><title>存储BitSet到MySQL?-怼度搜?/title><link>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/06/29/353331.html</link><dc:creator>周锐</dc:creator><author>周锐</author><pubDate>Wed, 29 Jun 2011 02:20:00 GMT</pubDate><guid>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/06/29/353331.html</guid><wfw:comment>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/353331.html</wfw:comment><comments>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/06/29/353331.html#Feedback</comments><slash:comments>0</slash:comments><wfw:commentRss>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/353331.html</wfw:commentRss><trackback:ping>http://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/353331.html</trackback:ping><description><![CDATA[分子l构式相似度搜烦使用的是fingerprintq行比较Q?div style="display: inline-block; "></div>fingerprint是一个二q制数据QCDK中用BitSet来存储该信息Q如果要每次比对都去生成BitSetQ那也太耗时间了Q所以我们需要存?div style="display: inline-block; "></div>fingerprint信息到数据库中,比较的时候,直接dQ而MySQL不支持存储BitSet数据Q网站找了一下,有h惛_?div style="display: inline-block; "></div>BitSet转换成Blob信息q行存储Q然后取的时候再转换回来Q不愧是个好的方法。下面来看看代码实现Q?br /><br /><div><div>/*</div><div> * Copyright (c) 2010-2020 Founder Ltd. All Rights Reserved.</div><div> *</div><div> * This software is the confidential and proprietary information of</div><div> * Founder. You shall not disclose such Confidential Information</div><div> * and shall use it only in accordance with the terms of the agreements</div><div> * you entered into with Founder.</div><div> *</div><div> */</div><div>package com.founder.mysql;</div><div></div><div>import java.sql.Blob;</div><div>import java.sql.Connection;</div><div>import java.sql.SQLException;</div><div>import java.util.BitSet;</div><div></div><div>public class MySQLUtil {</div><div></div><div><span style="white-space:pre"> </span>public static Blob bitsetToBlob(BitSet myBitSet, Connection con) throws SQLException {</div><div><span style="white-space:pre"> </span>    byte[] byteArray = toByteArray(myBitSet);</div><div><span style="white-space:pre"> </span>    Blob blob = con.createBlob();</div><div><span style="white-space:pre"> </span>    blob.setBytes(1, byteArray);</div><div><span style="white-space:pre"> </span>    return blob;</div><div><span style="white-space:pre"> </span>}</div><div></div><div><span style="white-space:pre"> </span>private static byte[] toByteArray(BitSet bits) {</div><div><span style="white-space:pre"> </span>    byte[] bytes = new byte[bits.length()/8+1];</div><div><span style="white-space:pre"> </span>    for (int i=0; i<bits.length(); i++) {</div><div><span style="white-space:pre"> </span>        if (bits.get(i)) {</div><div><span style="white-space:pre"> </span>            bytes[bytes.length-i/8-1] |= 1<<(i%8);</div><div><span style="white-space:pre"> </span>        }</div><div><span style="white-space:pre"> </span>    }</div><div><span style="white-space:pre"> </span>    return bytes;</div><div><span style="white-space:pre"> </span>}</div><div><span style="white-space:pre"> </span></div><div><span style="white-space:pre"> </span>public static BitSet blobToBitSet(Blob blob) throws SQLException {</div><div><span style="white-space:pre"> </span>    byte[] bytes = blob.getBytes(1, (int)blob.length());</div><div><span style="white-space:pre"> </span>    BitSet bitSet = fromByteArray(bytes);</div><div></div><div><span style="white-space:pre"> </span>    return bitSet;</div><div><span style="white-space:pre"> </span>}</div><div></div><div><span style="white-space:pre"> </span>private static BitSet fromByteArray(byte[] bytes) {</div><div><span style="white-space:pre"> </span>    BitSet bits = new BitSet(1024);  </div><div><span style="white-space:pre"> </span>    for (int i=0; i<bytes.length*8; i++) {</div><div><span style="white-space:pre"> </span>        if ((bytes[bytes.length-i/8-1]&(1<<(i%8))) > 0) {</div><div><span style="white-space:pre"> </span>            bits.set(i);</div><div><span style="white-space:pre"> </span>        }</div><div><span style="white-space:pre"> </span>    }</div><div><span style="white-space:pre"> </span>    return bits;</div><div><span style="white-space:pre"> </span>}</div><div>}</div></div><div><br />通过以上代码Q我们就可以把fingerprint的D出来,然后存储到MySQL数据库中了?br />q行怼度搜索的时候,值需要取出已l存储的D行比对就可以了?br /><div>float coefficient = Tanimoto.calculate(query, MySQLUtil.blobToBitSet(results.getBlob("bits")));<br />W者测试了187586条结构数据,大概需?2U左叻I基本满一般需求?/div></div><img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/353331.html" width = "1" height = "1" /><br><br><div align=right><a style="text-decoration:none;" href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/" target="_blank">周锐</a> 2011-06-29 10:20 <a href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/06/29/353331.html#Feedback" target="_blank" style="text-decoration:none;">发表评论</a></div>]]></description></item><item><title>Improved SMILES Substructure Searching-提高子结构搜索速度http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/06/27/353100.html周锐周锐Mon, 27 Jun 2011 13:50:00 GMThttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/06/27/353100.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/353100.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/06/27/353100.html#Feedback0http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/353100.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/353100.htmldaylight上面有一文章,讲解如何提高子结构搜索速度Q?a >http://www.daylight.com/meetings/emug00/Sayle/substruct.html
其大概意思就是先通过Fingerprintq行{选,q样可以快速的{选掉一部分数据Q对于复杂结构更有效Q另外就是根据原子个数或者特D原子个数进行比较,如果查询l构包含三个“N”原子Q那么所要查询出的结构所含有“N”的个数必d于等?Q这样对于包含一些特D元素的效果是特别的好;q有是Ҏ分子的一些性质q行{选过滤,比如芳香性等Q最后再q行匚wQ这样一来对于复杂结构以及含Ҏ元素的查询速度会提高很多?br />      最后文章中q给出测试数据,从中可以看出Q速度一般提高了三倍左叻I
      
Name SMILES Correct FP Triage Before After Latest
Propane CCC 65337 66352 42411 42.59 17.99 14.34
Selenium [Se] 246 995 225 0.80 0.83 0.52
Benzene c1ccccc1 79426 79486 50893 72.69 27.56 20.29
Methane C 118519 118524 118511 61.29 5.47 4.25
Amido NC=O 25695 26975 14702 18.89 9.84 8.16
Methylbenzene Cc1ccccc1 54529 56869 20490 54.76 35.58 25.90
Carboxy OC=O 33009 34369 17809 23.86 12.48 10.24
Chlorine Cl 19424 23318 19424 11.23 1.38 1.12
Cyclopropane C1CC1 863 4358 484 8.24 7.78 5.02
Biphenyl c1ccccc1c2ccccc2 2967 5142 146 21.94 21.65 11.44
Dopamine NCCc1ccc(O)c(O)c1 829 913 23 1.85 2.09 1.47
Sulfisoxazole 7 8 3 0.50 0.88 0.51
BetaCarotene 2 16 1 0.48 0.68 0.58
Nitrofurantoin 0 0 0 0.42 0.58 0.52



周锐 2011-06-27 21:50 发表评论
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TwirlyMol is a 3D structure viewerhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/05/21/350744.html周锐周锐Sat, 21 May 2011 10:44:00 GMThttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/05/21/350744.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/350744.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/05/21/350744.html#Feedback0http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/350744.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/350744.htmlhttp://www.redbrick.dcu.ie/~noel/blog/molecproc/twirlymol.html

A minimal molecular viewer

Click and drag to rotate (left mouse button), zoom/twist (right button) or translate (middle button). The scroll wheel can also be used to zoom.

Developed by Noel O'Boyle (Github repository here). To include a twirlymol in your own web page or blog post, please see this blog post or the HTML and Javascript source of this webpage.



周锐 2011-05-21 18:44 发表评论
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chemtoolkits上线?/title><link>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/05/07/349748.html</link><dc:creator>周锐</dc:creator><author>周锐</author><pubDate>Sat, 07 May 2011 11:02:00 GMT</pubDate><guid>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/05/07/349748.html</guid><wfw:comment>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/349748.html</wfw:comment><comments>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/05/07/349748.html#Feedback</comments><slash:comments>1</slash:comments><wfw:commentRss>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/349748.html</wfw:commentRss><trackback:ping>http://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/349748.html</trackback:ping><description><![CDATA[chemtoolkits上线?br /> http://www.chemtoolkits.com<img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/349748.html" width = "1" height = "1" /><br><br><div align=right><a style="text-decoration:none;" href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/" target="_blank">周锐</a> 2011-05-07 19:02 <a href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/05/07/349748.html#Feedback" target="_blank" style="text-decoration:none;">发表评论</a></div>]]></description></item><item><title>Frowns-ChemoInformatics Systemhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/05/04/349531.html周锐周锐Wed, 04 May 2011 13:46:00 GMThttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/05/04/349531.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/349531.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/05/04/349531.html#Feedback0http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/349531.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/349531.html Frowns is a chemoinformatics toolkit geared toward rapid development of chemistry related algorithms.  It is written in almost 100% Python with a small portion written in C++.

Frowns is loosely based on the PyDaylight API that Andrew Dalke wrote to wrap the daylight C API.  In some cases programs written using PyDaylight will also work under Frowns with a few minor changes.  A good overview of PyDaylight is available at here.

A good place to look at what Smarts and Smiles are is at the daylight web site located at http://www.daylight.com/

Frowns Features
  • Smiles parser
  • Smarts substructure searching
  • SD file parser with SD field manipulations
  • Depiction for SD files with coordinates
  • Molecule Fingerprint generation
  • Several forms of Ring Detection available
  • Simple aromaticity perception
  • Everything's a graph (i.e. can form canonical strings from incomplete pieces of a molecule)
  • Full source code
  • Really bad depiction of arbitray molecules! (requires AT&T's GraphViz)





周锐 2011-05-04 21:46 发表评论
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计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工兗{载?/title><link>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/28/349235.html</link><dc:creator>周锐</dc:creator><author>周锐</author><pubDate>Thu, 28 Apr 2011 12:44:00 GMT</pubDate><guid>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/28/349235.html</guid><wfw:comment>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/349235.html</wfw:comment><comments>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/28/349235.html#Feedback</comments><slash:comments>0</slash:comments><wfw:commentRss>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/349235.html</wfw:commentRss><trackback:ping>http://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/349235.html</trackback:ping><description><![CDATA[原文地址Qhttp://www.chemj.cn/viewthread.php?action=printable&tid=20684<br /> <br /> <br /> MolEditQ?a target="_blank">http://159.149.163.21/moledit.htm</a><br /> 介:在线l制2Dl构Q自动{化ؓ三维坐标文gQ支持格式很多?br /> <br /> √ E-BabelQ?a target="_blank">http://www.vcclab.org/lab/babel</a><br /> 介:相当于在U版的BabelQ可以支持几十种l构文g格式的{换。注意不要打开览器弹出窗口过滤功能?br /> <br /> √ Opal DashboardQ?a target="_blank">http://ws.nbcr.net/opal2/GetServicesList.do</a><br /> 介:一大批软g的在U计工P包括MEMEQ搜索一lDNA/蛋白序列中的基序Q,APBSQ解PB方程得到静电势分布、溶解自?能)QPDB2PQRQ往pdb格式中添加原子半径信息,转ؓapbs{Y件所需的pqr文gQ,Prepare receptor/GPFQ创建pdbqt、GPF文gQ,AutogridQ计autodock所需的格ҎӞQAutodockQ分子对 接)QFIMOQGLAM2QGLAMQGOMO?br /> <br /> 在线版PDB2PQRQ?a target="_blank">http://nbcr.sdsc.edu/pdb2pqr</a><br /> <br /> Prodrg 2.5Q?a target="_blank">http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg_beta</a><br /> 介:输入l构或者在U绘制结构,生成gromacs{Y件的拓扑文gQ以及加q氢的pdb、gro、moll构文g。支持gromos87/96力场Q支持结构优化?br /> <br /> Karlsberg+Q?a target="_blank">http://agknapp.chemie.fu-berlin.de/karlsberg/index.php</a><br /> 介:ZU性PB方程在线计算蛋白质Pka<br /> <br /> PROPKAQ?a target="_blank">http://propka.ki.ku.dk</a><br /> 介:输入PDB ID或者上传pdb文gQ计PKa。输出结果包括每个残基的PkaQ不同PH下的蛋白L叠化能、最E_时的PH|折叠与去折叠时在不同PH下所带电 荗等늂PH、缓冲能力。虽然独立状态的氨基酸的PKa是已知的Q但在蛋白中׃受到周围其它氨基酸的影响PKa会发生改变,故此E序有助于正判断在 不同PH环境下模拟蛋白质时}基酸所应处的质子化态?br /> <br /> H++Q?a target="_blank">http://biophysics.cs.vt.edu/H++</a><br /> 介:通过隐式溶剂(GB/PB)和分子力学模型计PkQƈҎ指定PH自动结构质子化<br /> <br /> ProBuilderQ?a target="_blank">http://159.149.163.21/probuilder.htm</a><br /> 介:输入蛋白质序列和预期的二U结构生成蛋白结构文?br /> <br /> PDBsumQ?a target="_blank">http://www.ebi.ac.uk/pdbsum</a><br /> 介:输入PDB ID或者序列,昄蛋白质信息、基本结构特征、结构出处的文献摘要Q可调用PROCHECK分析l构Q可在线观看3Dl构?br /> <br /> √ PLATINUMQ?a target="_blank">http://model.nmr.ru/platinum</a><br /> 介:此程序基于分子疏水势的概c上传受?配体l构文g后计,会显C分子总面U、极性面U、非极性面U的大小。得到的疏水势格Ҏ件可保存也可以在 U自动调用Jmol观看Q以不同颜色描述分子的疏?亲水性质Q可以直观了解受、配体不同方式的的结合能力。对于脂体系可以昄2D疏水图?br /> <br /> √√ <span id="wmqeeuq" class="goog_qs-tidbit-0">MarvinSketchQ?/span><a target="_blank"><span id="wmqeeuq" class="goog_qs-tidbit-0">http://www.chemaxon.com/marvin/sketch/index.jsp</span></a><br /> <span id="wmqeeuq" class="goog_qs-tidbit-0">介:一Ƒ֊能强大的l制分子l构、反应式q计相x质的Y件的在线版,需要java</span>q行环境Q蝲入较慢。可自行l制也可以直接通过名字生成l构 (edit-import name)Q可以直接从模版?基团库中插入l构(insert-template library/group)Q可以保存结构文件到本地。可以显C周期表(view-periodic table)Q获得smile字符?选中分子Qedit-save as smileQ然后随便找个文本框paste)Q显C?Dl构(view-Open MarvinView3D/Space)Q给出结构的名字(tools-Naming)Q得到分子式、分子量、元素组?tools-Elemental analysis)Q绘制滴定曲Uѝ计PKa、等늂、获得指定PH环境下的被质子化/去质子化后的l构(tools-Protonation)Q计?LogP、LogD(tools-partitioning)Q计原子电荗极化率、轨道电负?tools-charge)Q获得互变异构体、立体异 构体(tools-isomers)Q计各个异构体的能量、做单分子动力学(tools-conformation)Q结构拓扑分析、优化ƈ计算?量、计SASA(tools-geometry)Q显C氢键供?受体原子数目、Huckel分析、计折率、显C共振结构、获得结构框?(tools-other)。在E序下方文本框中可以使用Chemical term语言~写表达式来通过性质{选分子、计属性。亦可免费下载此软g的单机版?br /> <br /> MarvinSpaceQ?a target="_blank">http://www.chemaxon.com/marvinspace/applet.html</a><br /> 介:在线的基于java的分子可视化E序Q用Opengl库,支持pdb、mol和cub格点文g。可用NewCartoon{方式显C白质骨架l构Q可以用几种方式昄分子表面Qƈ在上面用颜色昄包括静电势在内的几种信息。缺ҎE序载入很慢?br /> <br /> REDS(RESP ESP charge Derive Server)Q?a target="_blank">http://q4md-forcefieldtools.org/REDS</a><br /> 介:在线计算RESP电荷Q注册十分麻烦?br /> <br /> 计算RRKM反应速率Q?a target="_blank">http://phd.marginean.net/rrkm.html</a><br /> <br /> DynDomQ?a target="_blank">http://fizz.cmp.uea.ac.uk/dyndom/runDescription.jsp</a><br /> 介:输如蛋白质分子的两个构象Q可分析出构象变化所l着的旋转uQ以及导致结构变化的关键D基。结果可以用rasmolE序昄?br /> <br /> StrucToolsQ?a target="_blank">http://helixweb.nih.gov/structbio/basic.html</a><br /> 介:可以l制蛋白质二U序列图Q计主链氢键,l制B因子-D基图,计算D基所占体Uƈl图Q计残基SASAQ做Ramachandran图,做蛋白质旋{的gif/mpeg动画?br /> <br /> TarFisDock(Target Fishing Dock)Q?a target="_blank">http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock</a><br /> 介:反向ҎE序Q提供小分子l构Q寻扑֏体蛋白。国内可能需要国外代理才能访问,速度比较慢?br /> <br /> VRML File CreatorQ?a target="_blank">http://cactus.nci.nih.gov/vrmlcreator</a><br /> 介:通过smile字符串或者结构文Ӟ创徏VRML(.wrl)文g。比如可以导入Acrobat 3DQ在pdf文档中演C分子的立体l构?br /> <br /> w3DNAQ?a target="_blank">http://w3dna.rutgers.edu</a><br /> 介:输入栔RPDB ID或上传结构文Ӟ分析其碱基结构参数?br /> <br /> WebMOQ?a target="_blank">http://www.webmo.net/demo/index.html</a><br /> 介:提供了友好的GUI界面Q可以在U绘制或导入l构q调用服务器上的Gaussian、Gamess、Mopac、Molpro、NWChem?QChem、TinkerE序q行量化/分子力学计算。对于免费用户WebMO提供了guest帐户dQ但q算旉限制?0U以内,在缺乏计条件下 可以应急用?br /> <br /> 估算REMD模拟适宜的温度设定:<a target="_blank">http://folding.bmc.uu.se/remd</a><br /> <br /> 在线蛋白质分析工具列表:<a target="_blank">http://www.bioinf.org.uk/servers</a><br /> <br /> PBT ProfilerQ?a target="_blank">http://www.pbtprofiler.net</a><br /> 介:输入化合物代码或在线l制l构Q快速预此化合物对环境污染的情况,包括在各U环境下的半衰期和分布状c生物篏U性、毒性等?br /> <br /> √ WHAT IFQ?a target="_blank">http://swift.cmbi.ru.nl/servers/html/index.html</a><br /> 介:提供了十分丰富的蛋白质模拟相兛_兗包括同源模建、检查和修复蛋白l构、残基突变、蛋白结构分析、可及表面计、分析氢键、补全质子、原子间不正当接触检、计盐桥、生成FlexDock输入文g{等?img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/349235.html" width = "1" height = "1" /><br><br><div align=right><a style="text-decoration:none;" href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/" target="_blank">周锐</a> 2011-04-28 20:44 <a href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/28/349235.html#Feedback" target="_blank" style="text-decoration:none;">发表评论</a></div>]]></description></item><item><title>chemtoolkits备案?..http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/28/349234.html周锐周锐Thu, 28 Apr 2011 12:40:00 GMThttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/28/349234.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/349234.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/28/349234.html#Feedback0http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/349234.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/349234.html前两天终于把备案需要的材料准备好ƈ快递出MQ希望早炚w过备案Q好早日对外开放?br /> 最q个人正在了解谱囄兌料以及国外一些免费化学信息学工具|站Q想多吸收一些好的想法,便于完善chemtoolkits?br /> 其中http://www.vcclab.org个h感觉蛮不错的Q也是一个免费的服务q_Qƈ且提供了Web Service接口Q可以免费调用?br /> 最q会抽时间把前面介绍的OSRA集成到系l里面,提供在线l构式图片{换功能?br />



周锐 2011-04-28 20:40 发表评论
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常用数学W号L大全以及主要数学W号含义-转蝲http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/26/349076.html周锐周锐Tue, 26 Apr 2011 12:39:00 GMThttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/26/349076.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/349076.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/26/349076.html#Feedback2http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/349076.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/349076.html  Α           α           alpha                alfa                          阿x

  Β           β           beta                  beta                        贝塔

  Γ           γ           gamma              gamma                    伽马

  Δ           δ           deta                  delta                       徯_

  Ε           ε           epsilon              epsilon                    艾普襉K

  Ζ           ζ            zeta                  zeta                        截塔

  Η           η           eta                    eta                          艑֡

  Θ           θ          theta                  θita                         西塔

  Ι             ι           iota                   iota                         U塔

  Κ           κ          kappa               kappa                    卡帕

  ?nbsp;         λ          lambda             lambda                    兰姆?/p>

  Μ          μ          mu                    miu                         ~?/p>

  Ν           ν          nu                     niu                          U?/p>

  Ξ           ξ           xi                     ksi                          可塞

  Ο           ο          omicron           omikron                  奥密可戎

  ∏           π          pi                     pai                          z?/p>

  Ρ            ρ          rho                   rou                         ?/p>

  ?nbsp;          σ          sigma               sigma                      西格?/p>

  Τ            τ           tau                  tau                          ?/p>

  Υ            υ          upsilon            jupsilon                   衣普襉K

  Φ           φ           phi                  fai                           ?/p>

  Χ            χ           chi                  khai                        ?/p>

  Ψ           ψ           psi                  psai                        普西

  Ω           ω          omega             omiga                      Ƨ米?br />

  • 数学W号Q?/strong>
  • Q?Q数量符P如:iQ?+iQaQxQ自然对数底eQ圆周率π?br /> Q?Q运符P如加PQ)Q减PQ)Q乘P×?#183;Q,除号Q?#247;或/Q,两个集合的ƈ集(∪Q,交集Q?#8745;Q,根号Q?#8730;Q,ҎQlogQlgQlnQ,比(Q)Q微分(dxQ,U分Q?#8747;Q等?br /> Q?Q关pȝP?#8220;Q?#8221;是等P“?#8221;是近似符P“≠”是不{号Q?#8220;Q?#8221;是大于符P“Q?#8221;是小于符P“→ ”表示变量变化的趋势,“?#8221;是相似符P“?#8221;是全{号Q?#8220;?#8221;是^行符P“⊥”是垂直符P“∝”是反比例W号Q?#8220;∈”是属于符P“C”?#8220;C下面加一?#8221;?#8220;包含”W号{?br /> Q?Q结合符P如圆括号“Q)”Ҏ?#8220;Q]”Q花括号“{}”括线“?#8221;
    Q?Q性质W号Q如正号“Q?#8221;Q负?#8220;Q?#8221;Q绝对值符?#8220;?#8221;
    Q?Q省略符P如三角ŞQ△Q,正uQsinQ,余uQcosQ,x的函敎ͼf(x)Q,极限QlimQ,因ؓQ∵Q,所以(∴Q,dQ∑Q,q乘Q?#8719;Q,从n个元素中每次取出r个元素所有不同的l合敎ͼC(r)(n) Q,q(AQAcQAqQx^nQ,阶乘Q!Q等?br /> 数学W号的意?/strong>
    W号 意义
    ∞ 无穷?br /> π  圆周?br /> |x| l对?br /> ∪ q
    ∩ 交集
    ≥ 大于{于
    ≤ 于{于
    ≡ 恒等于或同余
    ln(x) 以e为底的对?
    lg(x) ?0为底的对?br /> floor(x) 上取整函?br /> ceil(x) 下取整函?br /> x mod y 求余?br /> x - floor(x) 数部分
    ∫f(x)dx 不定U分
    ∫[a:b]f(x)dx a到b的定U分
    数学W号的应?/strong>
    P为真{于1否则{于0
    ∑[1≤k≤n]f(k) 对nq行求和,可以拓广臛_多情?br /> 如:∑[n is prime][n < 10]f(n)
    ∑∑[1≤i≤j≤n]n^2
    lim f(x) (x->?) 求极?br /> f(z) f关于z的m阶导函数
    C(n:m) l合?n中取m
    P(n:m) 排列?
    m|n m整除n
    m⊥n m与n互质
    a ∈ A a属于集合A
    #A 集合A中的元素个数



    周锐 2011-04-26 20:39 发表评论
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    OSRA让图片上的结构式zv?/title><link>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/22/348820.html</link><dc:creator>周锐</dc:creator><author>周锐</author><pubDate>Fri, 22 Apr 2011 09:49:00 GMT</pubDate><guid>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/22/348820.html</guid><wfw:comment>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/348820.html</wfw:comment><comments>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/22/348820.html#Feedback</comments><slash:comments>0</slash:comments><wfw:commentRss>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/348820.html</wfw:commentRss><trackback:ping>http://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/348820.html</trackback:ping><description><![CDATA[<h1 id="pageTitle"><em>OSRA: </em>Optical Structure Recognition Application</h1> 地址Qhttp://cactus.nci.nih.gov/osra/<br /> OSRA是一个很实用的工P可以把图片上的结构{换ؓInChIQInChI-keyQSMILESQSDF数据。目前一些商业的~辑化学l构式Y件已l把该功能引入到了各家的产品中了QChemAxon的Marvin Sketch是其中一个,用户可以直接拯囄或者通过打开文g方式把图片上的结构式展现在编辑工具中?br /> <br /> 另外NCI提供了一个demoQ地址<a ><font color="#000000">Q?/font>http://cactus.nci.nih.gov/cgi-bin/osra/index.cgi</a><br /> 可以直接上传囄Q然后会把图片中包含的化学结构式q回l你。非常强?<br /> <br /> 另外一个好消息Q从1.3.8开始,java可以通过JNI去调用OSRAE序了,q样我们可以通过q个做很多有意思的事情Q比如点M个图片,直接ȝ构式搜烦或者计相关理化性质{等Q?img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/348820.html" width = "1" height = "1" /><br><br><div align=right><a style="text-decoration:none;" href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/" target="_blank">周锐</a> 2011-04-22 17:49 <a href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/22/348820.html#Feedback" target="_blank" style="text-decoration:none;">发表评论</a></div>]]></description></item><item><title>通过使用Opsinq行IUPAC名称到结构{?/title><link>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/19/348596.html</link><dc:creator>周锐</dc:creator><author>周锐</author><pubDate>Tue, 19 Apr 2011 13:52:00 GMT</pubDate><guid>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/19/348596.html</guid><wfw:comment>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/348596.html</wfw:comment><comments>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/19/348596.html#Feedback</comments><slash:comments>0</slash:comments><wfw:commentRss>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/348596.html</wfw:commentRss><trackback:ping>http://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/348596.html</trackback:ping><description><![CDATA[OPSIN - Open Parser for Systematic IUPAC Nomenclature (OPSIN) OPSIN takes an IUPAC chemical name and outputs a structure either as as CML (Chemical Markup Language), SMILES, or InChI. OPSIN's primary focus is organic chemical nomenclatureQ本来Opsin是OSCAR中的一个小模块?br /> 下蝲地址Q?http://bitbucket.org/dan2097/opsin/<br /> 下面我们直接看代码吧Q很单!<br /> <p>package com.founder.opsin;</p> <p>import nu.xom.Element;<br /> import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin.NameToInchi;<br /> import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin.NameToStructure;<br /> import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin.NameToStructureConfig;<br /> import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin.NameToStructureException;<br /> import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin.OpsinResult;</p> <p>public class OpsinTest {</p> <p> /**<br />   * @param args<br />   * @author Zhou Rui<br />   * @throws NameToStructureException <br />   */<br />  public static void main(String[] args) throws NameToStructureException {<br /> <span style="color: #008000">  NameToStructure n2s = NameToStructure.getInstance();<br />   <br />   NameToStructureConfig n2sconfig = new NameToStructureConfig();<br />   <br />   OpsinResult result = n2s.parseChemicalName("acetonitrile", n2sconfig);<br />   <br />   System.out.println(result.getStatus());<br />   <br />   String smiles = result.getSmiles();<br />   String inchi = NameToInchi.convertResultToInChI(result);<br />   System.out.println(smiles);<br />   System.out.println(inchi);<br /> </span> }</p> <p>}<br /> <br /> 输出l果如下Q?br /> SUCCESS<br /> C(C)#N<br /> InChI=1/C2H3N/c1-2-3/h1H3</p><img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/348596.html" width = "1" height = "1" /><br><br><div align=right><a style="text-decoration:none;" href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/" target="_blank">周锐</a> 2011-04-19 21:52 <a href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/19/348596.html#Feedback" target="_blank" style="text-decoration:none;">发表评论</a></div>]]></description></item><item><title>chemtoolkits中分子描q符计算Qmolecular descriptor calculatorQ完?/title><link>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/12/348175.html</link><dc:creator>周锐</dc:creator><author>周锐</author><pubDate>Tue, 12 Apr 2011 14:54:00 GMT</pubDate><guid>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/12/348175.html</guid><wfw:comment>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/348175.html</wfw:comment><comments>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/12/348175.html#Feedback</comments><slash:comments>0</slash:comments><wfw:commentRss>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/348175.html</wfw:commentRss><trackback:ping>http://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/348175.html</trackback:ping><description><![CDATA[     摘要: 参照Rajarshi Guha的CDKDescUI代码Q已l把CDK的分子描q符计算Qmolecular descriptor calculatorQ集成到chemtoolkits中了Q其中包?4个描q符?nbsp; <a href='http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/12/348175.html'>阅读全文</a><img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/348175.html" width = "1" height = "1" /><br><br><div align=right><a style="text-decoration:none;" href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/" target="_blank">周锐</a> 2011-04-12 22:54 <a href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/12/348175.html#Feedback" target="_blank" style="text-decoration:none;">发表评论</a></div>]]></description></item><item><title>使用rcdkq行化合物结构聚cd?/title><link>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/11/348097.html</link><dc:creator>周锐</dc:creator><author>周锐</author><pubDate>Mon, 11 Apr 2011 13:41:00 GMT</pubDate><guid>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/11/348097.html</guid><wfw:comment>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/348097.html</wfw:comment><comments>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/11/348097.html#Feedback</comments><slash:comments>0</slash:comments><wfw:commentRss>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/348097.html</wfw:commentRss><trackback:ping>http://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/348097.html</trackback:ping><description><![CDATA[     摘要: rcdk, 是在R下面集成了CDK工具包,以此来通过CDK生成的化学性质数据q行更深层次的统计分析,下面来看看在rcdk中如何进行多个化合物l构的聚cR?nbsp; <a href='http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/11/348097.html'>阅读全文</a><img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/348097.html" width = "1" height = "1" /><br><br><div align=right><a style="text-decoration:none;" href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/" target="_blank">周锐</a> 2011-04-11 21:41 <a href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/11/348097.html#Feedback" target="_blank" style="text-decoration:none;">发表评论</a></div>]]></description></item><item><title>ADMET软g——Pallashttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/09/347986.html周锐周锐Sat, 09 Apr 2011 14:09:00 GMThttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/09/347986.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/347986.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/09/347986.html#Feedback0http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/347986.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/347986.html
    正如在它自己的网站上比喻的那PPallas像是悬崖峭壁上的裂~,很窄Q(指它的应用领域ƈ不广泛)Q但对于惛_辑ֱ的人来_Q指最l成功设计药物的人)Q却是必不可的?br />
    Pallas主要是用于ADMET的预。其包含的各个模块相对独立又密切联系?br />
    包括影响ADME性质的基常数的预:pKalc、PrologP、PrologD、Rule of 5、TPSAQ代谢预:MetabolExpert、MEXAlert、RetroMEXQ毒性预:HazardExpert、ToxAlert、Cytoxicity?img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/347986.html" width = "1" height = "1" />

    周锐 2011-04-09 22:09 发表评论
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    chemtoolkits(CTK)部分功能和界?/title><link>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/09/347957.html</link><dc:creator>周锐</dc:creator><author>周锐</author><pubDate>Sat, 09 Apr 2011 09:16:00 GMT</pubDate><guid>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/09/347957.html</guid><wfw:comment>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/347957.html</wfw:comment><comments>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/09/347957.html#Feedback</comments><slash:comments>0</slash:comments><wfw:commentRss>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/347957.html</wfw:commentRss><trackback:ping>http://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/347957.html</trackback:ping><description><![CDATA[     摘要: Chemtoolkits(CTK)部分功能和界面已l完成,目前|站的主要辅助性的功能已经加入Q比如新闅R文章、留a以及其他信息内容。化学信息学斚w的目前只整合了里宾斯Z规则计算Q以及比较流行的OSIRIS Property Explorer (LogP, 溶解度、成药可能性预?工兗?nbsp; <a href='http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/09/347957.html'>阅读全文</a><img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/347957.html" width = "1" height = "1" /><br><br><div align=right><a style="text-decoration:none;" href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/" target="_blank">周锐</a> 2011-04-09 17:16 <a href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/09/347957.html#Feedback" target="_blank" style="text-decoration:none;">发表评论</a></div>]]></description></item><item><title>chemtoolkits.com国内免费化学信息学服务^?/title><link>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/06/347676.html</link><dc:creator>周锐</dc:creator><author>周锐</author><pubDate>Wed, 06 Apr 2011 02:06:00 GMT</pubDate><guid>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/06/347676.html</guid><wfw:comment>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/347676.html</wfw:comment><comments>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/06/347676.html#Feedback</comments><slash:comments>2</slash:comments><wfw:commentRss>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/347676.html</wfw:commentRss><trackback:ping>http://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/347676.html</trackback:ping><description><![CDATA[     摘要:   <a href='http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/06/347676.html'>阅读全文</a><img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/347676.html" width = "1" height = "1" /><br><br><div align=right><a style="text-decoration:none;" href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/" target="_blank">周锐</a> 2011-04-06 10:06 <a href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/06/347676.html#Feedback" target="_blank" style="text-decoration:none;">发表评论</a></div>]]></description></item><item><title>Chemical Informatic tools developmenthttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/02/347502.html周锐周锐Sat, 02 Apr 2011 01:20:00 GMThttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/02/347502.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/347502.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/04/02/347502.html#Feedback0http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/347502.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/347502.html1. Property calculations (LogP/LogD, PSA, solubility, pKa, Lipinski rule)

        计算插gQ脂水分配系?/span>/考虑电解时的脂水分配pL、极性表面积、溶解性、电解常数?/span>Lipinski五规则)

            All are supported except solubility, in JChemBase, Cartridge, Knime, Pipeline pilot, Instant JChem, Jchem for Excel and in Marvin. See full list of our property predictors.Calculating Lipinski rule of 5:

    2. Bulid and maintain project data viewer (SAR understanding)
    SAR: structure-activity relationship, l果与活性关p,U构效关p?/span>

           We have R-group decomposition, also a viewer in JChem for Excel, LibMCS GUI. That can be used for SAR understanding.

    3. Library enumeration, cleanup, profile and analysis

            Reactor, Screen, Calculator plugins, Markush Enumeration, Instant JChem, JChem for Excel, KNIME, Pipeline pilot
            Some presentations on the topic:
            Virtual Libraries and Virtual Screening in Drug Discovery Processes using KNIME
            Library Compound Design Methods for CustomLibrary Synthesis

    4. Customized Spotfire view

            Yes this is the TIBCO Spotfire tool. Marvin is integrated into Spotfire, I think even JChem Cartridge can communicate with Spotfire, our new project is Instant JChem Integration which is under development

    5.Similarity search

            Yes, JChemBase, Cartridge, Instant JChem, JChem for Excel Similarity search in databases
            For a more sophisticated approach of similarity, we provide the Screen package.

    6.Clustering

           JKlustor, LibMCS

    7.Generate SAR Tables
    生成构效关系表格

           We do not support directly but we have Rgroup decomposition, Fragmentation toolkit that can be visualized and analysed later.

    8.Ligand binding Efficiency
    配体l合效果

           LE can be calculated if the database contains the activity value, heavy atom counts can be calculated in JChem for Excel, Instant Jchem

    9.Structure visualization
    l构可视?/span>

           Marvin

    10.Overlay/Docking
    叠合/Ҏ

           No, we do not support docking. Alignment can be done in Marvin, Screen3D, and a standalone GUI for low throughput screening.

    11.Build predictive ADMET models
    建立预测ADMET模型?/span>ADMET分别代表吸收、分布、代谢、排泄和毒性?/span>

           We do not support directly, although we have some calculation plugins that can be further used for these property calculations such as pKa, logP/D, Atom counts, PSA.



    周锐 2011-04-02 09:20 发表评论
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    有机化合物结构解?/title><link>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/03/27/347115.html</link><dc:creator>周锐</dc:creator><author>周锐</author><pubDate>Sun, 27 Mar 2011 11:37:00 GMT</pubDate><guid>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/03/27/347115.html</guid><wfw:comment>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/347115.html</wfw:comment><comments>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/03/27/347115.html#Feedback</comments><slash:comments>0</slash:comments><wfw:commentRss>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/347115.html</wfw:commentRss><trackback:ping>http://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/347115.html</trackback:ping><description><![CDATA[<p>有机化合物结构解?br /> <img style="width: 781px; height: 536px" height="536" alt="" src="http://www.aygfsteel.com/images/blogjava_net/rain1102/chemical/1.png" width="781" border="0" /><br /> <br /> <span style="font-weight: bold; font-size: 36pt; color: black; font-family: 宋体; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-bidi-font-family: +mn-cs; mso-color-index: 1; language: zh-CN; mso-font-kerning: 12.0pt; text-combine: letters"><span style="font-size: 14pt"><span style="font-weight: bold; color: black; font-family: 宋体; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-bidi-font-family: +mn-cs; mso-color-index: 1; language: zh-CN; mso-font-kerning: 12.0pt; text-combine: letters">质谱 </span><span style="font-weight: bold; color: #542a00; font-family: 'Times New Roman'; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-bidi-font-family: +mn-cs; language: en-US; mso-font-kerning: 12.0pt; text-combine: letters">Mass Spectrometry: MS <br /> <img style="width: 782px; height: 411px" height="411" alt="" src="http://www.aygfsteel.com/images/blogjava_net/rain1102/chemical/2.png" width="782" border="0" /></span></span></span></p><img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/347115.html" width = "1" height = "1" /><br><br><div align=right><a style="text-decoration:none;" href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/" target="_blank">周锐</a> 2011-03-27 19:37 <a href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2011/03/27/347115.html#Feedback" target="_blank" style="text-decoration:none;">发表评论</a></div>]]></description></item><item><title>Four Free 2-D Structure Editors for Web Applications http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/08/30/330278.html周锐周锐Mon, 30 Aug 2010 06:22:00 GMThttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/08/30/330278.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/330278.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/08/30/330278.html#Feedback0http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/330278.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/330278.htmlFour Free 2-D Structure Editors for Web Applications

    周锐 2010-08-30 14:22 发表评论
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    LIMS(实验室信息管理系l)介绍与各行业的运?/title><link>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/07/20/326631.html</link><dc:creator>周锐</dc:creator><author>周锐</author><pubDate>Tue, 20 Jul 2010 05:34:00 GMT</pubDate><guid>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/07/20/326631.html</guid><wfw:comment>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/326631.html</wfw:comment><comments>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/07/20/326631.html#Feedback</comments><slash:comments>0</slash:comments><wfw:commentRss>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/326631.html</wfw:commentRss><trackback:ping>http://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/326631.html</trackback:ping><description><![CDATA[1QLIMS介绍<br />     实验室信息管理系l(英文~写?LIMSQ,是指通过计算机对实验室的各种信息q行理的计机软、硬件系l。对一个实验室来说Q无模的大小Q每时每刻都会生大量的信息Q这些信息主要是一些测量、分析的数据Q还有许多维持实验室q行的管理型数据Q这些数据是如此的复杂,如此的v量,使得每一个实验室为维护这些数据而浪费了大量的h力和物力Q结果效率还十分的低下,l常出错Q更谈不上数据的快速科学分析。另外大规模的实验室在管理上也同样存在着头AJ多Q管理؜q现象。所有的q一切都是因为缺乏一U有效的、快L、用方便的理工具所致。解册一问题的唯一办法Q就是引?LIMS——实验室信息理pȝQ因此,利用计算机网l技术、数据存储技术、快速数据处理技术来对实验室q行全方位管理的计算Y、硬件系l。通过LIMSQ实验室可以辑ֈ自动化运行、信息化理和无U化办公的目的,对实验室提高工作效率、降低运行成本v到至关重要的作用?br />     LIMS作ؓ信息理pȝQ它有着与ERP、MIS之类理软g的共性,但是也有自己鲜明的个性。首先,作ؓ实验室的理软gQ它是有标准可以遵@的。它的系l方案设计必M格遵循由国家质量技术监督局颁布的国家标准《检和校准实验室能力的通用要求》,该标准等同于ISO/IEC17025:1999Q而ERP、MIS之类软g没有相应的标准可以执行,q就使得不同用户的ERP之间可以存在巨大的差异,?LIMS则没有,q一炚w常有利于产品的推qѝ?br />     其次Q不同行业的 LIMS管׃行业的原因会有所差别Q但归根l底Q实验室大量q行的是试或校准行为,业务性质鲜明Q品非常易于标准化。而实验室无论从设备到业务性质直至从业人员Q都处在一个较高的素质水^上,它们?LIMS的接受能力是很强的?br />     再有Q?LIMS不仅仅能为实验室提供一个管理的q_。还能ؓ提升整个实验室的q行效率、学术水q等{提供更多帮助。现代的仪器是智能的、高度自动化的,q就使得实验室h员能通过 LIMS来操UA器,极大的提高工作效率。另外,实验室的各种zd实际上是一U科学活动,很多最新的思想、算法都产生于实验室Q这?LIMSq他们提供了一个蝲体,q?LIMS本n也演变成一个复杂的巨大pȝ?br /> <br /> 2QLIMS在各行业实验室的应用<br />     xa、化工行业:xa化工行业作ؓ国民l济的支׃业,是国内最早实?LIMS的行业。但是,截止C天,国内仍然只有为数不多的几家企业实施了 LIMSQ还有巨大的I间有待开发。而且随着WTO的加入,矛_行业面着非常巨大的竞争压力。简单来_国外的成品a加上q费、关E后其h格比国内的出厂hq便宜。因此,提高效率、降低成本、提高品质量实际上已成为石化行业生d亡的关键所在。?LIMS在这里面L当重要的作用Q众所周知Q石化的生q程时时d都是要做产品验的?br />     ȝ、医药、卫生防疫:随着Z对健hq求的提高Q这一行业q年来迅速发展,可以讲现在每天都有新的医院、新的制药企业诞生,特别是大的集团、上市公司,ULq入制药行业Q而各卫生防疫部门也在加大工作的力度、深度和q度Q初步估全国范围内在这个行业中的实验室Q检验室Q大U有2万家左右?br />     环境保护Q全球环境的恶化Q得各国都加大了环境监的力度。国内以国家环保d为龙_q几q内徏立全国的环境监测|。县U以上城市都设有环境监测站,l合对空气、水质、噪声等作监,q有长江、黄x利委员会以及林、vz等各自的监机构。预计全国会?千家用于环境监测的机构(实验室)?br />     以国安点实验室Z表的U研、教学实验室Q这些实验室分步于中国科学院、各高等院校、各部委所属大型实验室以及各行业内部大型研I、设计、开发实验室Q他们承担着国家U技q步、新产品开发、测试等{工作,是国家科技发展的中坚力量。我们估计这cd验室有几千家左右Q而且大多数有国家财政l费或行业内部的财政支持?br />     食品、酿酒、烟草:q年来各U新兴食品不断涌上市场,各种饮料、奶制品层出不穷Q在q些企业内部都有强大的实验室做技术后盾;酉K作ؓ中国的古老行业,可以讲几乎每个乡镇都有酒厂。烟草行业更是国家的重要E收来源Q至今还是采用烟草专卖的方式。酿酒、烟草行业这几年的特Ҏ不断推陈出新Q品更新换代非常快。这些行业的实验室规模都非常大,资金充?br />     商检、进出口验、检疫:地市U以上城市都设有商检局Q随着l济的迅速发展,作ؓ他们开展工作的重要场所Q实验室也将q速发展壮大,全国应当?000家左双U机构?br />     冉、矿山、机械制造:加入WTO后,q些传统行业势必面着生死存亡的关键问题。如何提高品质量,加大竞争力就成了他们首要解决的问题,而ؓ产品质量把关的各cL实验室Q肯定会做大面积的改造、提升,q中间当然包?LIMS。毋庸置疑,q是一块非常巨大的市场。据我们现有的客戯源,国内大型钢铁企业的实验室都在考虑上LIMS的问题?br />     计量Q计量行业是从事对各c计量器兗A器的校准zd的。县U以上城市都设有计量局。而目前国内的情况是:各计量局的校准能力不以应付C会的需求,E具规模的企业都设有自己的计量室Q这是不合情理的。理ZQ交易双方对计量器具准确性的认可应当q三方Q计量局Q来保证。因此,未来几年计量局的各cL准实验室会得到q速发展,呈现一个非常巨大的市场?br /> <br /> 3QLIMS的特?br />     Q?Q项目作为网l信息系l,构徏它的基础g、Y件^台都已经非常成熟Q而且国外l过q二十年的发展,U篏了大量经验,也ȝZ教训,q些Ҏ们开发自qpȝ都是非常宝贵的资源。可以说Q目前我们做自己的LIMS已经没有技术上的壁垒?br />     Q?QLIMS的Y件体pȝ构采用微软的分布式网路应用架?WinDNA, Windows Distributed Network Application)Q这U结构的显著特点是具有天然的|络高性能、分布式计算。扩充性能非常好,pȝ的整体性能与硬件成直接的线性关pR?br />     Q?QLIMS作ؓ专业理软gQ仅仅给用户提供理支持是远q不够的。各行业实验室基本上代表了本行业技术水q的最前沿Q因此,如果能在LIMS里集成行业专用分析YӞ对用h疑是非常有用的。目前,LIMS集成了本公司自行研制开发的 Sisc IAS囑փ处理软g、Sisc SPS色谱数据工作站、Sisc CAS烃组成分析YӞq且正在与科学研I、大学合作开发失效分析专家系l?br /><img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/326631.html" width = "1" height = "1" /><br><br><div align=right><a style="text-decoration:none;" href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/" target="_blank">周锐</a> 2010-07-20 13:34 <a href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/07/20/326631.html#Feedback" target="_blank" style="text-decoration:none;">发表评论</a></div>]]></description></item><item><title>LC50、IC50、EC50http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/07/09/325622.html周锐周锐Fri, 09 Jul 2010 03:12:00 GMThttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/07/09/325622.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/325622.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/07/09/325622.html#Feedback0http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/325622.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/325622.html IC50Q半数抑制浓?Q一U药物能细胞生ѝ病毒复制等抑制50%所需的浓度?
    EC50Q半数效应浓度,引v受试对象50%个体产生一U特定效应的药物剂量?br />
    在动物急性毒性试验中Q受试动物半数M的毒物浓度,?LC50表示?br /> 半数致死度是衡量存在于水中的毒物对水生动物和存在于I气中的毒物对哺乛_物乃至hcȝ毒性大的重要参数。毒物的致死效应与受试动物暴露时间有密切关系。如果用 LC50表示水中毒物Ҏ生生物的急性毒性,必须在LC50前标明暴露时_?4时LC50?8时LC50?6时LC50{。如果用LC50表示I气中毒物对Z^动物的急性毒性,一般是指受试动物吸入毒?时?时后的试验l果Q?br />
    IC50是指“反应”被抑制一半时抑制剂的度Q这里的反应可以是酶催化反应Q抗原抗体反应等。在凋亡斚wQ可以理解ؓ一定浓度的某种药物诱导肿瘤l胞凋亡50%Q该度UCؓ50%抑制度Q即凋亡l胞与全部细胞数之比{于50%时所对应的浓度,IC50值可以用来衡量药物诱导凋亡的能力Q即诱导能力强Q该数D?当然也可以反向说明某U细胞对药物的耐受E度?br />
    EC50是药物安全性指标。其含义是:引v50%个体有效的剂量扩大多倍,才会D50%的个体死亡(或中毒)。此D大,用药相对安全?br /> LD50/ED50、TD50/ED50、TC50/EC50{统UCؓȝ指数Q是一c药物的安全指标Q通常其D大越安全。需注意q些指标只反映治疗作用与急性毒性的关系Qƈ不能反映慢性毒性、过敏性?img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/325622.html" width = "1" height = "1" />

    周锐 2010-07-09 11:12 发表评论
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    PCR之歌http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/07/07/325450.html周锐周锐Wed, 07 Jul 2010 07:07:00 GMThttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/07/07/325450.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/325450.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/07/07/325450.html#Feedback0http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/325450.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/325450.html 
    q是biorad公司Z推出C品而编写的一首PCR之歌Q一可q人把PCR的过E唱的如此深情,好像是P疯的感觉?br />
    英文歌词Q?/strong>

    There was a time when to amplify DNA,
    You had to grow tons and tons of tiny cells.
    Then along came a guy named Dr. Kary Mullis,
    Said you can amplify in vitro just as well.
    Just mix your template with a buffer and some primers,
    Nucleotides and polymerases, too.
    Denaturing, annealing, and extending.
    Well it’s amazing what heating and cooling and heating will do.
    PCR, when you need to detect mutations.
    PCR, when you need to recombine.
    PCR, when you need to find out who the daddy is.
    PCR, when you need to solve a crime

    中文歌词Q?/strong>

    从前你要扩增DNAQ?br /> L培养大批l胞的重任要你背?br /> q时有个家伙叫Kary Mullis博士的,
    他钻出来说体外合成也一样OKQ?br /> 只要把你的模板؜上缓冲液Q再加些引物Q?br /> q有核苷和聚合酶?br /> 变性,退火,和g伸?br /> 加热~冷却~加热~太神奇了Q?br /> 当你惌突变,来啊做PCR吧!
    当你惌基因重组Q来啊做PCR吧!  
    当你想知道孩子他爹到底是谁,来啊做PCR吧!
    当你惌侦破大案Q来啊做PCR吧!

    周锐 2010-07-07 15:07 发表评论
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    QSPR/ QSAR/ QSMRhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/06/28/324719.html周锐周锐Mon, 28 Jun 2010 15:29:00 GMThttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/06/28/324719.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/324719.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/06/28/324719.html#Feedback0http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/324719.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/324719.html

    周锐 2010-06-28 23:29 发表评论
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    化学信息?/title><link>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/06/27/324618.html</link><dc:creator>周锐</dc:creator><author>周锐</author><pubDate>Sun, 27 Jun 2010 12:23:00 GMT</pubDate><guid>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/06/27/324618.html</guid><wfw:comment>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/324618.html</wfw:comment><comments>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/06/27/324618.html#Feedback</comments><slash:comments>0</slash:comments><wfw:commentRss>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/324618.html</wfw:commentRss><trackback:ping>http://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/324618.html</trackback:ping><description><![CDATA[化学信息学是化学领域中近几年发展h的一个新的分支,是徏立在多学U基上的交叉学科Q利用计机技术和计算机网l技术,对化学信息进行表C,理Q分析,模拟和传播,以实现化学信息的提取Q{化与׃nQ揭C化学信息的实质与内在联p,促进化学学科的知识创新?br /> “应用信息技术和信息处理Ҏ已成物发现过E中的一个很重要的部分。化学信息学实际上是一U信息源的؜合体。它可将数据转换Z息,再由信息转换为知识,从而我们在药物先导化合物的识别和l织q程的决{变得更有效?#8221;——Brown MedicinalQ?Chemistry, 1998,33,375-384<br /> 研究内容<br /> <strong> 1、化合物登记Qcompound registrationQ?/strong>q包括将每一个化合物的立体化学参敎ͼ相关光谱数据Q如NMRQ、纯度数据(如HPLCQ、各U生物活性测定数据等各种相关数据动态组合在数据库中?<br /> <strong>2、构效关pȝ研究工具和技术?/strong>q包括应用各UY件徏立各U构效关pL型,其中使用了各U化学计量学ҎQ如多元l计回归分析{)。构效关pL型就是关联用数D征的分子l构与其生物zL间的相x。传l的QSAR研究是通过自由能将各种独立变量联系hQ即怼性是通过单的数值来度量的。但是,化学l构之间的相似性度量相Ҏ较复杂,化学l构只有在一定描q的I间中才能被度量和比较。如何描qC个化学分子是相当z跃的研I域,只有在一个正有效的描述I间内才有可能客观度量分子之间的怼性和差异性,从而进行有目的的筛选,q得C个理想的目标分子库。现在很多h在研I过二维、三l甚x高维的药效团指纹图谱来表征分子,它与传统的自p表述完全不同Q其效果更ؓ直观Q新的描q方法如特征树(feature treeQ等也被q泛应用?<br /> <strong>3、虚拟数据库l装技术(virtual database assemblyQ?/strong>它通过计算化学Ҏl合各种基元化学分子l构和片D,虚拟合成大量的候选化合物Q然后在q样一个虚拟化合物库中{选目?药物分子。上q工作包括采用合适的描述因子和相应的法q行计算库设计(computational library designQ。值得指出Q有效的计算库在分子设计中往往起关键作用。遗传算法已成ؓ计算库设计的重要工具Q它能对一个虚拟库中各个计化学性质ҎD行优化,从而最优地接近目标。Crame{对库设计的背景和外廉题作了阐qͼDrewry和Young对库设计的各U方法进行了全面的ȝ。一U基于已知活性片D(对于目标受体Q的Ҏ被应用在单体选择中。经验表明,库的设计应徏立在产品I间的计化学特性值基上,而不是在单体I间中。这需要有效的化合物虚拟合成技术,包括Q?.片段标记(fragment marking)Q?.合成反应模拟技术。合成化学家一般偏爱后一U,但在分子的各片段都已定义好的情况下,使用前者更加快速。杂交系l?hybrid system)也被用来q行库设计。这些方法都需要通过模型计算得到化合物的物理化学性质倹{James F Blake[18]对药物的各种性能|如吸附性、渗透性、水溶性等预测模型q行了评q?<br /> <strong>4.数据库挖掘技?database mining)?/strong>q主要是从大量的候选类药分子中L出所需要的药物分子Q一般通过亚结构(substructureQ?D?D怼性度量、分子ŞӞshapeQ、框ӞframeworkQ、药效团{来q行搜烦Q或者根据受体和配体之间的三l结构进行药物三l空间筛选。挖掘技术的效果既依赖于对目标分子的认识Q如分子三维l构、化学特性等Q也依赖于挖掘工P如计速度{。从一个多l特征描q空间中选择一个子集作Z表集是所谓分子的虚拟{选。通过Ҏ据集合的研究QBayada{得出结论:Ward的二l指U图谱对于随机选择有最大的改善Q但在另一研I中发现Q分割的化学l构Qpartitioned chemical descriptorQ描q空间适用于不同的子集{选,解决了有?聚类的技术。Deborah K.{用回归分cL(recursive partition)q行药物{选,q将其运用到14 G-protein 双受体检验中?<br /> <strong>5、统计方法和技术?/strong>l计Ҏ如主成分分析、因子分析等被广泛地用来q行分子描述因子QdescriptorQ的减维Q从而可以更加简单有效地表述分子信息q低计的复杂E度?<br /> <strong>6.大型数据的可视化表达?/strong>在化学信息学的研I中需要对成千上万个分子的构效关系模型q行表达Q若通过图表的方式用计算机程序自动地q行数据的过滤和表达有利于分析?br /><img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/324618.html" width = "1" height = "1" /><br><br><div align=right><a style="text-decoration:none;" href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/" target="_blank">周锐</a> 2010-06-27 20:23 <a href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/06/27/324618.html#Feedback" target="_blank" style="text-decoration:none;">发表评论</a></div>]]></description></item><item><title>药物设计常用Ҏ之QSARҎ介绍http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/06/24/324352.html周锐周锐Thu, 24 Jun 2010 12:07:00 GMThttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/06/24/324352.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/324352.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/06/24/324352.html#Feedback0http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/324352.htmlhttp://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/324352.html 定量构效ҎQquantitative structure-activity relationship, QSARQ是应用最为广泛的药物设计Ҏ。所谓定量构效方法就是通过一些数理统计方法徏立其一pd化合物的生理zL或某种性质与其物理化学性质之间的定量关p,通过q些定量关系。可以猜化合物的生理活性或某些性质Q指导我们设计出h更高zL的化合物?br /> 早在1867q_Crum-Brow 和Fraser提Z构效关系的概念,1900q前后,Overton 和Meyer{提Z麻醉作用的类脂学_卛_学结构各异的麻醉剂其zL随着?水分配系数增加而增加的现象Q这可能是最早提出的化合物生理活性和物理化学性质之间的定量分配关pL型。但只是到近几十q_其是Hansch法提出后Q随着计算机技术的发展和多变量解析技术的引入Q定量构效关pL法才逐渐发展和应用v来,现在它已l成物设计和药物开发中不可~少的工兗?br />
    二:常用QSARҎ介绍

    1 二维定量构效关系ҎQ?D-QSARQ?br /> 传统的二l定量构效关pL法很多,有Hansch法、模式识别Free-Wilson法和电子拓扑法?其中最为闻名应用最为广泛的是Hansch和Fujita提出的Hansch法。它假设同系列化合物某些生物zL的变化是和它们某些可测量物理化学性质的变化相联系的。这些可量的特性包括疏水性、电性质和空间立体性质{,都有可能影响化合物的生物zL。Hansch法假定这些因子是彼此孤立的,故采用多重自p相关法,借助多重U性回归等l计Ҏ可以得到定量构效关pL型。Hansch法最初可以表达ؓ下面的公?br /> lg1/c=algp+bσ+cE+……+constant
    既活性和疏水性参?#960;或lgp、电负性参?#963;以及立体参数E有关。后来Hansch发现药物要交替穿q水相和c脂构成的体p,其移动难易程度和lgp呈现出函数关pR假如经q一定时间后药物在最末一怸为浓度lgcQ则以lgc对lgp作图Q可以发现它们之间呈抛物U关p,因此上式又可以写成下面的形式
    lg1/c=aQlgpQ?+b lgp +cσ+cE+……+constant W一个式子适用于体外活性数据,而第二个式子适用于体内活性数据?br /> Hansch和Fujita{h最初所采用的构效关pL型中Q仅采用了一些简单的分子参数。但对于一个分子来_可以用很多分子参数来表示分子的不同特征,比如各种拓扑参数、热力学参数、量化计得到的参数以及分子外Ş参数{。研I结果表明用q些参数往往能得到更好的l果。因此在实际应用q程中,我们L量选择最佛_数来得到最有效的模型而不必局限于Hansch和Fujita所提出的参数?br /> 此外除了传统的线性回归方法之外,一些新的数理统计方法非数值算法也被用于构效研I中Q如偏最二乘法、h工神l网l及遗传法{,q些新方法的应用大大推动2D- QSARҎ的发展?br />
    2 三维定量构效关系ҎQ?D-QSARQ?br /> q些q来Q随着构效关系理论和统计方法的q一步发展,又出C一些三l定量构效关p(3D-QSARQ方法。譬如分子外形分析(molecularshape analysis, MSAQ、距d何方?distance geometry, DG)和以及比较分子场分析Qcomparative molecular field analysis, CoMFAQ方法?br /> ?D-QSAR比较Q?D-QSARҎ在物理化学上的意义更为明,能间接反映药物分子和靶点之间的非键相互作用特征。因此近十多q来3D-QSARҎ得到了迅速的发展和广泛的应用。在3D-QSARҎ中,比较分子场分析(comparative molecular field analysis, CoMFAQ方法是目前最为成熟且应用最为广泛的Ҏ?br />
    2.1 比较分子场分析(comparative molecular field analysis, CoMFAQ方法简?br /> CoMFA的基本原理是Q假如一l相似化合物以同L方式作用于同一靶点Q那么它们的生物zL就取决于每个化合物四周分子场的差别Q这U分子场可以反映药物分子和靶点之间按的非键相互作用特性。其计算可以单的分ؓ三个步骤Q?Q首先确定药物分子的zL构象,再按一定的规则Q一般ؓ骨架叠加或场叠加Q进行药物分子的叠合Q(2Q然后,在叠合好的分子四周定义一定的步长均匀划分产生格点Q在每个格点上用一个探针离子来评h格点上的分子场特征(一般ؓ静电场和立体场,有时也包括疏水场和氢键场Q;Q?Q最后通过偏最二乘方法徏立化合物zL和分子场特征之间的关系q给出各U分子面的等势能面?br /> q年来,研究人员对传l的CoMFAq行了大量的改进Q其中涉及到zL构象的定Q分子叠加规则、分子场势函数的定义以及分子场变量的选取{等Q在很大E度上提高了CoMFA计算的成功率。其中最h代表性的可能是比较分子怼因子分析Qcomparative molecular similarity indices analysis, CoMSIAQ方法?br />
    2.2 比较分子怼因子分析Qcomparative molecular similarity indices analysis, CoMSIAQ方法简?br /> 与CoMFAҎ相比Q最大的不同是分子场的能量函数采用了与距离相关的高斯函数的形式Q而不是传l的Coulomb 和Lennard-Jones 6-12势函数的形式。CoMSIAҎ中共定义五种分子场的特征Q包括立体场、静电场、疏水场以及氢键场(包括氢键l体场和氢键受体场)。这五种分子场可以通过公式计算得到。在CoMSIAҎ中,׃采用了与距离相关的高斯函数Ş式,可以有效地避免在传统CoMFAҎ中由静电场和立体场的函数形式所引v的缺陗由于分子场能量在格点上的迅速衰退Q不需要定义能量的截断QcutoffQ? 对一些实际体p进行了q两U方法的比较l果分析Q在计算中采用了不同的格ҎQ且对体pd采用全空间搜索策略。结果表明CoMFA计算对不同的格点大小g及叠合分子不同的I间取向非常敏感Q采用不同的I间取向Ӟ回归pL的差值最大可以达?.3以上。而CoMSIAҎ在计不同格点大取g及分子空间取向下得到的结果则E_的多Q在一般情况下QCoMSIA计算会得到更加满的3D-QSAR模型?br />
    3. 4D-QSARҎ?br /> 1997q_hopfinger{提Z4D-QSAR的概c作者首ơ采用遗传算法选择分子动力学生的构象来生最佳的构效关系模型。在q个Ҏ中,作者用每个格点对用的原子占有率来作为PLS的变量,作者根据原子的不同特征定义了七U不同种cȝ原子模型。在4D-QSARҎ中,作者考虑了药物分子的整个构象I间Q而不是一个分子,而且考察了多U原子叠合方式,因此在概念上比传l的CoMFAҎ有一定的q步

    ?建立定量构效关系的方?br />
    3.1 U性回归方?br /> 在传l二l构效研I中Q多重线性回归(multiple linear regression, MLRQ方法是最为常见的l计Ҏ。一个分子可以用很多分子参数来表达,但在建立多重U性回归模型的时候,为避免过拟合QoverfittingQ,我们只能从这些物理化学参C选择一部分参数来徏立回归模型。一般来Ԍ同系物数目和所选取参数数目的比应大??Q也有h提出应大?的nơ方Qn表示选取的参C敎ͼQ怎样选取合适的参数一直是定量构效关系研究中的一个难题,而且对于U性回归来_当体pd声较强或q扰严重Ӟ有可能导致所得的模型qQؓ了克服多重线性回归的不Q在数学上可采用L分回归方法?br /> 所谓主成分回归是采用L分分析方?principle component analysis, PCA)Ҏ性媄响最大的几个主要成分建立定量构效关系模型。所谓主成分是一l新的变量,它是原来变量Xij的线性组合,W一个主成分所能解释原量的方差最大,W二个次之,W三个再ơ之Q往下依此类推。也是_L分是一U线性组合,用它来表C原来变量所产生的^方误差最。运用主成分分析Q原变量矩阵X可以表达为得分(即主成分Q矩阵T, 该矩는本征矢量上的投媄所得。主矩阵与矩늚本征矢量一一对应Q即XP=T。主成分回归可以有效解决q问题Q同时由于去掉了不太重要的主成分Q因而可以削弱噪壎ͼ随机误差Q所产生的媄响。主成分回归可以分ؓ两步Q? 定L分数Qƈ通过L分分析将X矩阵降维Q? 对于降维的X矩阵再做U性回归分析。但是假如在W一步消ȝ是有用的L分,而保留的是噪壎ͼ则第二步多元U性回归所得的l果将偏离真实的数学模型?br /> 在主成分回归法的W一步中Q我们处理的仅是X矩阵Q对于矩阵Y中的信息q未考虑。事实上QY中可能包含有用的信息Q所以一U很自然的想法是试矩阵X因子时同时考虑矩阵Y的作用。偏最二乘法在考虑自变量的同时也考虑因变量的作用Q同旉过折衷各自I间内的因子使模型较好的同时描述自变量和因变量,从而有效地减少相关因素的媄响?br /> 在构效关pȝI过E中Q还用到了许多其他的数理l计ҎQ比如说逐步回归Ҏ、非U性最二乘方法以及一些模式识别方法等Q在此就不一一介绍?br />
    3.2 遗传法

    3.2.1遗传法?br /> 遗传法Qgenetic algorithm, GAQ基本思想源自于达文的自焉择学说。它表明遗传和变异是军_生物q化的内在因素,生物的遗传特性,使生物界的物U保持相对稳定,而变异特性则使生物个体生新的性状Q以至于形成新的物种Q推动了生物的进化和发展?br /> 遗传法是模拟达文遗传选择和自然淘汰生物进化过E的计算模型。它的思想源自于生物遗传学和适者生存的自然规律Q是h“生存+?#8221;q代q程的搜索算法。遗传算法以一U群体中的所有个体ؓ对象Qƈ利用随机化技术指导对一个被~码的参数空间进行高效搜索。其中,选择、交叉和变异构成了遗传算法的遗传操作。参数编码、初始群体的讑֮、适应度函数的讑֮、遗传操作设计、控制参数设定五个要素组成了遗传法的核心内宏V?br /> 遗传法的主要特Ҏ1直接对结构对象进行操作,不存在求导和函数q箋性的限定Q?h内在的隐q行性和更好的全局M能力Q? 采用概率化的MҎQ能自动获取和指g化的搜烦I间Q自适应的调整搜索方向,不需要确定的规则。遗传算法的q些性质已被Zq泛的用于组合优化、机器学习、信号处理、自适应控制和h工生命等领域。作ZU新的全局优化搜获ҎQ遗传算法以其简单通用、适用于ƈ行处理以及高效、实用等显著特点在各个领域得Cq泛的应用,取得了良好的效果Qƈ逐渐成ؓ最为重要的法之一?br /> 遗传法的兴h?0q代末至90q代初,最初只是用于多肽的构象分析Q近些年来,遗传法在工业分析、光谱分析、蛋白质三l构猜测和数据分析等斚w也取得了q泛应用?br />
    3.2.2 遗传法基本原理
    遗传法的原理比较简单,传统遗传法l常用一个二q制U性数字串表示一个个体(individualQ?若干个体构成一个种(populationQ?一般我们用随机的办法生初始种。初始种生以后,q定义?#8220;适应性函?#8221;Qfitness functionQ去评hU群中的每个个体。然后通过个体的得分选择部分个体q过交叉和变异去J衍它们的后代。当然得分高的被选中的可能性会大些Q同旉些未选中的个体就自然消亡。留下来的个体和它们C生的子代Ş成了新的U群。经q一些列交叉和变异过E后Q就可以得到M得分比较高的U群Q这是我们所要寻扄h非凡性能的构型?br /> 我们习惯上把Holland 1975q提出的GAUCؓ传统的GA。其主要步骤如下Q?~码. GA在进行搜索之前先解I间的解数据表示成遗传空间的基因型串l构数据Q这些串l构数据的不同组合便构成了不同的点;2 产生初始U群。随Z生初始串l构数据。每个串l构数据UCؓ一个个体,多个个体构成一个种。GA以这个串l构数据作ؓ初始点开始P代优化过E;3 q行适应性指评估。适应性函数表明个体或解的优劣性。不同的问题Q适应性函数的定义方式也不同;4 选择。选择的目的是Z从当前群体中选出优良的个体,使它们有Z作ؓ父代Z一代繁D子孙。选择实现了达文的适者生存原则;5 交叉。交叉操作是遗传法中最主要的遗传操作。通过交叉操作可以得到C代个体,C体组合了其父辈个体的Ҏ,交叉体现了信息交换的意思;6 变异。变异首先在体中随机选择一个个体,对于选中的个体以一定的概率随机地改变串l构数据中的某个串的倹{同生物界一P变异为新个体的生提供机会?br />
    3.2.3 遗传法基本特点
    遗传法作ؓ一U快捗简ѝ容错性强的算法,在各cȝ构对象的优化q程中显C出明显的优ѝ与传统搜烦Ҏ相比Q遗传算法具有以下特点:1 搜烦q程不直接作用在变量上,而是作用在参数集q行了编码的个体上。此~码操作使得遗传法可直接对l构对象Q集合、序列、矩c树、图、链和表Q进行操作;2 搜烦q程是从一lP代到另一l解Q采用同时处理群体中多个个体的方法,降低了陷入局部优化的可能性,q易于优化;3 采用概率变迁的规则来指导搜烦方向Q而不采用定性搜索规则;4Ҏ索空间没有Q何非凡的要求Q如q通性、凸性等Q,只利用适应性信息,不需要导数等其他辅助信息Q适用范围更广?br />
    3.2.4 遗传法的工作原?br /> 遗传法是一个以适应度函敎ͼ或目标函敎ͼZ据,通过对群体中个体施加遗传操作实现体内个体结构重l的q代优化q程。它的理Z要有模式定理、积木块假设、最欺骗问题和隐ƈ行性问题等。我们主要介l模式理论和最欺骗问题?br /> 模式理论是研I较qѝ媄响较大的GA理论。它GA的运过E理解ؓ模式操作q程q从模式q算的角度解释GA的性能特点。GA的计过E是从一个个体组成的初始体出发Q@环的执行选择、交叉、变异过E。表面上看运过E直接作用于体Q但其中隐含了模式集合中的操作过E。模式定理从模式操作的角度论证了在选择、交换和变异因子作用下某一模式量的变化。模式定理揭C出h低阶、短定义矩以及^均适应度高于群体^均适应度的模式在子代中以指数U增长,׃重组、变异的作用Qƈ非低阶优于^均的模式都是有效模式Q但在规模ؓN的群体中Q有多个模式是有效的Q即每一代GA处理个体的同Ӟ获得了对多个模式的ƈ行处理,q且无须额外的存储量Q这一性质UCؓ隐ƈ行性。也是GA在群体中搜烦的过E可看作是隐含的Ҏ式的抽样q程Q然后通过遗传子的作用将短的低阶模式的信息组合v来,形成高阶模式Q直x索到最优解Q这说明同传l的优化法相比QGA有很强的处理能力?br /> 研究ƺ骗是ؓ了猜给定问题用GA求解的难易程度,q是我们所x的问题。由模式理论Q一个问题能否用遗传法有效地求解,取决于问题编码是否能满U木块假设,满者用遗传法求解率高Q不满者求解率较低Q甚x不到满解,q一现象UCؓƺ骗。最欺骗问题旨在尽可能佉K题的~码q反U木块假设,佉K阶积木块不能生成最优解。但实验l果表明Q对包含ƺ骗的问题,用GA求解时得到最优解和得不到最优解的情况都有可能发生。这说明ƺ骗不是衡量用GA解决问题难易E度的唯一标准。目前我们还无法判定一个问题包含欺骗的多少和问题相对于GA难易E度间的关系?br />
    3.2.5 遗传法的一个计实?br /> 遗传法在程序上实现q不复杂Q我们可以通过考虑如下单的非线性优化问题来具体讨论遗传法的实现过E?br /> 函数定义如下Qf(x)=x*sin(10Л* x)+1.0 (-1≤x≤2)
    我们要用遗传法得到上面q个函数的最大倹{已知方E的极gؓf(1.85)=2.85。整个实现过E可分ؓ以下几个步骤Q?br /> 1 ~码Q我们用二q制的字W串表示方程的自变量x。字W串的长度取决于所需要的_ֺ。定义域的范围是3。精度要求小数点后取6位有效数字,也即是要把这个定义域范围分ؓ3×1000000个相{的区域。这样就需?2位的二进制字W串来表C每个个体,因ؓ2?1ơ方于3×1000000Q所以要取到3×1000000格点Q至要取到2?2ơ方?br /> 把一个二q制字符串{化ؓx的实数解需要两个步骤:首先把二q制字符串{化ؓ十进制的整数Q然后把得到的整数化为实数解?br /> 2 产生初始U群Q这一步比较简单,所有的个体构成初始U群Qؓ每个个体产生一?2位二q制字符Ԍ需要强调每个字W串对应着方程的一个解?br /> 3 适应性函敎ͼ在这里每个个体的适应性函数就是方Ef(x)的|׃我们在这里求的是极|所以每个个体所对应f(x)的D大,p明个体的适应性就好Q则被选出的几率就大。适应性函数相当于自然q化中的环境Q它会直接控制种的演化q程?br /> 4 遗传操作Q在遗传法中有两个主要的遗传操作:H变和交叉。突变是在群体中随机选择一个个体,然后以一定的概率随机地改变串l构中某个串的值判定个体值的好坏Q这一q程辅之以遗传操作也保更快更好的找到所需的倹{@环这一q程Q直到找Cf(x)最大的|d完成?br /> 当然对不同的问题在实际操作上会有一定的差别Q比如可能会对种中的个体采用不同的数据l构Q会采用其他的遗传操作。但M上来Ԍ其基本流E是cM的,最大的差别是Ҏ不同的问题采用不同的适应性函数?img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/324352.html" width = "1" height = "1" />

    周锐 2010-06-24 20:07 发表评论
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    ZINC数据?/title><link>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/06/17/323749.html</link><dc:creator>周锐</dc:creator><author>周锐</author><pubDate>Thu, 17 Jun 2010 13:01:00 GMT</pubDate><guid>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/06/17/323749.html</guid><wfw:comment>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/323749.html</wfw:comment><comments>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/06/17/323749.html#Feedback</comments><slash:comments>0</slash:comments><wfw:commentRss>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/323749.html</wfw:commentRss><trackback:ping>http://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/323749.html</trackback:ping><description><![CDATA[ZINC是一个可以免费用的用于虚拟{选的化合物数据库Q由国加州大学药物化学pȝShoichet研究组建立q维护。主地址Q?a >http://zinc.docking.org/</a> ?<br /> ZINC数据库其中所收录的化合物来自各大化合物合成公司,因此都是可以商业购买的。数据库既存储了化合物的l构信息Q也包含了这些化合物的供应商信息?br /> ׃ZINC在收录这些化合物的过E中q行?#8220;c药?#8221;qoQ可以以SMILESQmol2Q?D SDF{多U文件格式免费下载,因此特别适用于以分子ҎZ的虚拟筛选策略?img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/323749.html" width = "1" height = "1" /><br><br><div align=right><a style="text-decoration:none;" href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/" target="_blank">周锐</a> 2010-06-17 21:01 <a href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/06/17/323749.html#Feedback" target="_blank" style="text-decoration:none;">发表评论</a></div>]]></description></item><item><title>高通量{?/title><link>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/06/17/323748.html</link><dc:creator>周锐</dc:creator><author>周锐</author><pubDate>Thu, 17 Jun 2010 12:30:00 GMT</pubDate><guid>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/06/17/323748.html</guid><wfw:comment>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/323748.html</wfw:comment><comments>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/06/17/323748.html#Feedback</comments><slash:comments>0</slash:comments><wfw:commentRss>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/323748.html</wfw:commentRss><trackback:ping>http://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/323748.html</trackback:ping><description><![CDATA[        高通量{?High throughput screeningQHTS)技术是指以分子水^和细胞水q的实验Ҏ为基Q以微板形式作ؓ实验工具载体Q以自动化操作系l执行试验过E,以灵敏快速的A器采集实验结果数据,以计机分析处理实验数据Q在同一旉数以千万的样品Qƈ以得到的相应数据库支持运转的技术体p,它具有微量、快速、灵敏和准确{特炏V?<br />   高通量{选时每天要对C千万的样品进行检,工作枯燥、步骤单一Q操作h员容易疲功뀁出错。自动化操作pȝp机及其操作软g、自动化加样讑֤、温늦心设备和堆栈4个部分组成。自动化操作pȝ代替人工操作昄有诸多优势,它利用计机通过操作软g控制整个实验q程Q编E过E简z明了,可操作性强Q通量高?img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/323748.html" width = "1" height = "1" /><br><br><div align=right><a style="text-decoration:none;" href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/" target="_blank">周锐</a> 2010-06-17 20:30 <a href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/06/17/323748.html#Feedback" target="_blank" style="text-decoration:none;">发表评论</a></div>]]></description></item><item><title>化学l构索和化学信息在国内现?/title><link>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/05/18/321305.html</link><dc:creator>周锐</dc:creator><author>周锐</author><pubDate>Tue, 18 May 2010 11:39:00 GMT</pubDate><guid>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/05/18/321305.html</guid><wfw:comment>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/321305.html</wfw:comment><comments>http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/05/18/321305.html#Feedback</comments><slash:comments>0</slash:comments><wfw:commentRss>http://www.aygfsteel.com/rain1102/comments/commentRss/321305.html</wfw:commentRss><trackback:ping>http://www.aygfsteel.com/rain1102/services/trackbacks/321305.html</trackback:ping><description><![CDATA[<p>接触化学信息学方面的知识已经有一q多了,通过q一q多的观察以及和客户沟通,得到l果是,目前国内CRO企业很少实现信息化,大部分公司在使用ExcelQWord{工具保存公司的化合物相关信息以及采购库存信息。从而用最l用者很隑ֿ速找到自己所需要的信息Q管理层也很隑֎l计公司的运营成本以及经效益,从而导致公司的整个业务程效率低下Q管理层很难对公叔R目和成本的把控。尤其是当负责整理这些化合物信息的h员离开公司的时候,下一个接手的人就更加隑֎l护和管理公司的化合物信息(公司的知识库和知识资产)Q由于这些文档是攑֜公司的某一个共享磁盘上Q所以一旦出现磁盘有问题、机器中病毒和h操作{等会导致这些资产无辜的丢失Q这些都会造成很严重的后果Q对公司的运营和发展带来很沉重的打击?br /> 目前国外已经有很多成熟的产品来管理这些数据和信息Q但对于国内企业来说Q尤其是中小型企业,h高昂Q而且国外和国内有旉和区域的差距Q服务也不会及时。而国内目前基本没有Y件公司在做生命科学方面的信息化系l,因ؓ前期成本高,需要的知识比较专。也些原因也是导致国内CRO企业信息化发展慢的主要原因之一?br /> 化学l构索则是整个化学信息学中比较重要的功能Q因为它可以通过l构式进行检索数据库Q找到所需的化合物信息。结构式搜烦又包括:子结构搜索、精搜索和怼度搜索。这些功能大大方便了U研人员快速到pȝ中找到相兛_合物信息Q从而提高整个研发效率。管理层也可以通过pȝȝ计和分析各个目中的研发q程中所用的原料以及每一阶段内公司研发了哪些化合物等信息?br /> 当然除了化学l构搜烦以外q很多其他功能特性对整个目研发q程起到促进作用Q比如之前文章中写到的一些化合物的一些特性计和分析Q?strong><a target="_blank"><strong>里宾斯基五规?/strong></a></strong>Q等{?br /> LQ信息化对CRO企业来说是重中之重?/p><img src ="http://www.aygfsteel.com/rain1102/aggbug/321305.html" width = "1" height = "1" /><br><br><div align=right><a style="text-decoration:none;" href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/" target="_blank">周锐</a> 2010-05-18 19:39 <a href="http://www.aygfsteel.com/rain1102/archive/2010/05/18/321305.html#Feedback" target="_blank" style="text-decoration:none;">发表评论</a></div>]]></description></item></channel></rss> <footer> <div class="friendship-link"> <a href="http://www.aygfsteel.com/" title="狠狠久久亚洲欧美专区_中文字幕亚洲综合久久202_国产精品亚洲第五区在线_日本免费网站视频">狠狠久久亚洲欧美专区_中文字幕亚洲综合久久202_国产精品亚洲第五区在线_日本免费网站视频</a> </div> </footer> վ֩ģ壺 <a href="http://" target="_blank">ѭ</a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank">բ</a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank">Ϻ</a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank">ƽ</a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank">ľ</a>| <a href="http://" target="_blank">ʷ</a>| <a href="http://" target="_blank">˳</a>| <a href="http://" target="_blank">ֺ</a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank">з</a>| <a href="http://" target="_blank">ȫ</a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank">峣</a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank">֦</a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank">®</a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank">̶</a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank">ɽ</a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <a href="http://" target="_blank">޻</a>| <a href="http://" target="_blank">Ϸ</a>| <a href="http://" target="_blank">½</a>| <a href="http://" target="_blank">⳵</a>| <a href="http://" target="_blank"></a>| <script> (function(){ var bp = document.createElement('script'); var curProtocol = window.location.protocol.split(':')[0]; if (curProtocol === 'https') { bp.src = 'https://zz.bdstatic.com/linksubmit/push.js'; 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