rcdk, 是在R下面集成了CDK工具包，以此來通過CDK生成的化學性質數據進行更深層次的統計分析，下面來看看在rcdk中如何進行多個化合物結構的聚類。
首先需要在R下面安裝rcdk程序包，然后就可以進入命令行，進行如下操作：
>library("rcdk") //加載包
>mols <- load.molecules("mymols.sdf") //讀取sdf文件
> fps <- lapply(mols, get.fingerprint, type="extended") //生產fingerprint值
> fp.sim <- fp.sim.matrix(fps, method="tanimoto") //建立矩陣
> fp.dist <- 1-fp.sim
> clustering <- hclust(as.dist(fp.dist))
> plot(clustering)
執行到這里，我們就得到了結果，如下圖：
這里我選擇的是50個化合物結構進行處理。是不是很方便～：）
posted on 2011-04-11 21:41
周銳 閱讀(952)
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