目前用戶對知識管理系統的理解，在知識管理系統的應用方面還有著很多的誤區，具體有：
第一、以為知識管理和財務管理、設備管理等一樣，是一個專門化的職能，只需要幾個專門的人員進行管理。在這種思想指導下，企業就會選擇所謂“專門的”知識管理系統，由專門的少數人來完成知識管理的工作。實際上，知識管理遍及企業業務的全過程，涉及全員的每一個人，需要全員參與。知識管理系統必須以集成應用平臺為基礎，孤島式的知識管理系統是不可能完成知識管理任務的。因此，也可以說，知識管理系統的應用是典型的一把手工程。
第二、以為知識管理就是OA、文檔管理系統、即時交流工具或者是一個協同商務軟件。
第三、將知識管理等同于知識存儲、知識挖掘工具。
第四、以為知識管理完全是軟件系統的工作。實際上，知識管理作為學習型組織的一個重要工作，不是知識管理軟件系統所能完全完成的，比如激勵知識工作者、激勵隱性知識的顯性化、激勵知識的分享和交流、促進學習分享和創新型企業文化的形成等等，軟件系統都只是提供了輔助的便捷的工具。
第五、急功近利。知識管理系統對于企業的價值，不同于一個優秀的銷售員，它并不能立即給企業帶來訂單。它需要日積月累才能發揮出巨大價值
明白了知識管理理解和應用的誤區，其實我們也就知道了如何才是正確的選擇。一個真正的知識管理系統一定是可以幫助個人和團隊有效管理其隱性和顯性化的知識，可以避免知識的流失，提高知識的重用和創新，