目錄樹可以分為小的部分，每個部分可以在自己的磁盤或分區上。主要部分是根、/usr 、/var 和 /home 文件系統。每個部分有不同的目的。
主要目錄
/bin
/sbin
/etc
/root
/lib
/dev
/tmp
/boot
/mnt
/proc
/usr
/var
/home
/dev
每臺機器都有根文件系統，它包含系統引導和使其他文件系統得以mount所必要的文件，根文件系統應該有單用戶狀態所必須的足夠的內容。還應該包括修復損壞系統、恢復備份等的工具。
/usr 文件系統包含所有命令、庫、man頁和其他一般操作中所需的不改變的文件。 /usr 不應該有一般使用中要修改的文件。這樣允許此文件系統中的文件通過網絡共享，這樣可以更有效，因為這樣節省了磁盤空間(/usr 很容易是數百兆)，且易于管理(當升級應用時，只有主/usr 需要改變，而無須改變每臺機器) 即使此文件系統在本地盤上，也可以只讀mount，以減少系統崩潰時文件系統的損壞。
/var 文件系統包含會改變的文件，比如spool目錄(mail、news、打印機等用的)， log文件、formatted manual pages和暫存文件。傳統上/var 的所有東西曾在 /usr 下的某個地方，但這樣/usr 就不可能只讀安裝了。
/home 文件系統包含用戶家目錄，即系統上的所有實際數據。一個大的/home 可能要分為若干文件系統，需要在/home 下加一級名字，如/home/students 、/home/staff 等。
雖然上面將不同的部分稱為文件系統，但它們不必是真的分離的文件系統。如果系統是小的單用戶系統，而用戶希望簡單化，可以很容易地放在一個文件系統中。根據磁盤容量和不同目的所需分配的空間，目錄樹也可以分到不同的文件系統中。重要的是使用標準的名字，即使/var 和/usr 在同一分區上，名字/usr/lib/libc.a 和/var/adm/messages 必須能工作，例如將/var 下的文件移動到/usr/var ，并將/var 作為/usr/var 的符號連接。
Unix文件結構根據目的來分組文件，即所有的命令在一個地方，所有的數據在另一個地方，所有的文檔又在一個地方，等等。另一個方法是根據屬于的程序分組文件，即所有Emacs文件在一個目錄中，所有TeX文件在另一個中，等等。后一種方法的問題是文件難于共享(程序目錄經常同時包含靜態可共享的和動態不可共享的文件)，有時難于查找 (例如man頁在極大數量的地方，使man程序查找它們極其困難)。
“/”根目錄系統
根文件系統一般應該比較小，因為包括嚴格的文件和一個小的不經常改變的文件系統不容易損壞。損壞的根文件系統一般意味著除非用特定的方法(例如從軟盤)系統無法引導。
根目錄一般不含任何文件，除了可能的標準的系統引導映象，通常叫/vmlinuz 。所有其他文件在根文件系統的子目錄中。
/bin ,引導啟動所需的命令或普通用戶可能用的命令(可能在引導啟動后)。
/sbin ,類似/bin ，但不給普通用戶使用，雖然如果必要且允許時可以使用。
/etc ,特定機器的配置文件。
/root ,root用戶的家目錄。
/lib .根文件系統上的程序所需的共享庫。
/lib/modules 核心可加載模塊，特別是那些恢復損壞系統時引導所需的(例如網絡和文件系統驅動)。
/dev 設備文件。
/tmp 臨時文件。引導啟動后運行的程序應該使用/var/tmp ，而不是/tmp ，因為前者可能在一個擁有更多空間的磁盤上。
/boot 引導加載器(bootstrap loader)使用的文件，如LILO。核心映象也經常在這里，而不是在根目錄。如果有許多核心映象，這個目錄可能變得很大，這時可能使用單獨的文件系統更好。另一個理由是要確保核心映象必須在IDE硬盤的前1024柱面內。
/mnt 系統管理員臨時mount的安裝點。程序并不自動支持安裝到/mnt 。 /mnt 可以分為子目錄(例如/mnt/dosa 可能是使用MSDOS文件系統的軟驅，而/mnt/exta 可能是使用ext2文件系統的軟驅)。
/proc , /usr , /var , /home 其他文件系統的安裝點。
/etc目錄系統
/etc 目錄包含很多文件。許多網絡配置文件也在/etc 中。
/etc/rc or /etc/rc.d or /etc/rc*.d 啟動、或改變運行級時運行的scripts或scripts的目錄。
/etc/passwd 用戶數據庫，其中的域給出了用戶名、真實姓名、家目錄、加密的口令和用戶的其他信息。
/etc/fdprm 軟盤參數表。說明不同的軟盤格式。用setfdprm 設置。
/etc/fstab 啟動時mount -a命令(在/etc/rc 或等效的啟動文件中)自動mount的文件系統列表。 Linux下，也包括用swapon -a啟用的swap區的信息。
/etc/group 類似/etc/passwd ，但說明的不是用戶而是組。
/etc/inittab init 的配置文件。
/etc/issue getty 在登錄提示符前的輸出信息。通常包括系統的一段短說明或歡迎信息。內容由系統管理員確定。
/etc/magic file 的配置文件。包含不同文件格式的說明，file 基于它猜測文件類型。
/etc/motd Message Of The Day，成功登錄后自動輸出。內容由系統管理員確定。經常用于通告信息，如計劃關機時間的警告。
/etc/mtab 當前安裝的文件系統列表。由scripts初始化，并由mount 命令自動更新。需要一個當前安裝的文件系統的列表時使用，例如df 命令。
/etc/shadow 在安裝了影子口令軟件的系統上的影子口令文件。影子口令文件將/etc/passwd 文件中的加密口令移動到/etc/shadow 中，而后者只對root可讀。這使破譯口令更困難。
/etc/login.defs login 命令的配置文件。
/etc/printcap 類似/etc/termcap ，但針對打印機。語法不同。
/etc/profile , /etc/csh.login , /etc/csh.cshrc 登錄或啟動時Bourne或C shells執行的文件。這允許系統管理員為所有用戶建立全局缺省環境。
/etc/securetty 確認安全終端，即哪個終端允許root登錄。一般只列出虛擬控制臺，這樣就不可能(至少很困難)通過modem或網絡闖入系統并得到超級用戶特權。
/etc/shells 列出可信任的shell。chsh 命令允許用戶在本文件指定范圍內改變登錄shell。提供一臺機器FTP服務的服務進程ftpd 檢查用戶shell是否列在 /etc/shells 文件中，如果不是將不允許該用戶登錄。
/etc/termcap 終端性能數據庫。說明不同的終端用什么"轉義序列"控制。寫程序時不直接輸出轉義序列(這樣只能工作于特定品牌的終端)，而是從/etc/termcap 中查找要做的工作的正確序列。這樣，多數的程序可以在多數終端上運行。
/dev目錄 /dev 目錄包括所有設備的設備文件。設備文件用特定的約定命名。