BioJava In Anger
快速指南
介紹：
BioJava 的設(shè)計涵蓋了生物信息學(xué)的很多方面，本身就比較復(fù)雜和龐大，有時候甚至令人生畏。對于那些想快速了解并且利用這個強大的工具的生物信息學(xué)家們來說，有時候面對這一大堆的接口常常會頭痛欲裂。本指南能夠幫助你利用BioJava開發(fā)99％常用的程序，而不必為此掌握99％的BioJava接口。
本指南使用多數(shù)編程快速指南的格式，采用“我如何使用.....”的主題形式來幫助大家使用BioJava。每個主題都提供你可能會期望并經(jīng)常使用的源代碼。這些代碼基本上可以直接在你的機器中編譯運行。我盡量詳細注釋這些代碼，讓大家更容易理解程序中可能的一些晦澀代碼。
“BioJava In Anger”由Mark Schreiber維護。任何建議和問題請聯(lián)系biojava mailing list。點擊這里訂閱郵件列表。
本指南使用的例子經(jīng)過BioJava1.3,
Java1.4測試。
本指南中文版由 Wu Xin(Center of
Bioinformatics,Peking University)翻譯,任何翻譯問題請通過郵件列表聯(lián)系或者登錄BBS。
我如何使用.......?
安裝
> 安裝Java
> 安裝BioJava
成分表(alphabets)和標記(symbol)
>我如何得到DNA,RNA或蛋白質(zhì)的成分表?
>我如何用自定義的標記建立自定義的成分表?
>我如何建立雜交產(chǎn)物成分表(cross product alphabet),例如密碼字成分表(codon alphabet)?
>我如何從雜交產(chǎn)物成分表(cross product alphabet)中分解出他們的組成標記(component symbol)?
>我如何判別兩個成分表或兩個標記是否相同?
>我如何建立一個多義標記(ambiguous symbol),例如Y或R?
基本序列操作
>我如何從字串中創(chuàng)建一條序列對象以及將其寫回一條字串?
>我如何從一條序列中得到子序列?
>我如何將DNA序列轉(zhuǎn)錄到RNA序列?
>我如何得到一條DNA或RNA序列的互補鏈?
>序列是不可變的(immutable),我如何改變它的名字?
>我如何編輯一條序列或者標記鏈(symbollist)?
翻譯(translation)
>我如何將一條DNA或RNA或標記鏈翻譯成蛋白質(zhì)?
>我如何將單個密碼子翻譯成單個氨基酸?
>我如何使用一個非標準翻譯表?
序列輸入輸出(sequence I/O)
>我如何將序列以FASTA格式輸出?
>我如何讀取FASTA格式的文件?
>我如何讀取GenBank/EMBL/SwissProt格式的文件
>我如何從GenBank/EMBL/SwissProt格式中抽取序列并且以FASTA格式輸出?
>我如何將ABI序列轉(zhuǎn)化為BioJava序列?
注釋(annotation)
>我如何將一條序列的注釋列出來?
>我如何用物種這個參數(shù)(或其他注釋屬性)來篩選序列?
位置和特征(location and
feature)
>我如何指定一個點位置(point location)?
>我如何指定一個域位置(range
location)?
>我如何使用環(huán)狀位置(circular location)?
>我如何建立一個特征(feature)?
>我如何以類型為參數(shù)篩選特征?
>我如何刪除特征?
BLAST和FASTA
>我如何創(chuàng)建一個BLAST解析器?
>我如何創(chuàng)建一個FASTA解析器?
>我如何從解析結(jié)果中抽取信息?
計數(shù)和分布(count and
distribution)
>我如何計算序列中的殘基數(shù)?
>我如何計算序列中某種標記(symbol)的頻率?
>我如何將計數(shù)轉(zhuǎn)為分布?
>我如何從一種分布中創(chuàng)建一條隨機序列?
>我如何從一種分布中計算熵值?
>我如何能找到一種簡單的方法來判斷兩種分布是否具有相同的權(quán)重?
>我如何對一個自定義的成分表創(chuàng)建一個N階分布(order N distribution)?
>我如何將一種分布以XML格式輸出?
權(quán)重矩陣和動態(tài)規(guī)劃(weight matrix
and dynamic programming)
>我如何利用一個權(quán)重矩陣尋找模體?
>我如何創(chuàng)建一個隱馬模型譜(profile HMM)?
>我如何建立一個自定義的隱馬模型(HMM)?
用戶界面(user interfaces)
>我如何將注釋和特征以樹狀形式顯示?
>我如何在GUI中顯示一條序列?
>我如何顯示序列標尺?
>我如何顯示特征?
OBDA
>我如何設(shè)置BioSQL?
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