BioJava In Anger
快速指南
介紹：
BioJava 的設計涵蓋了生物信息學的很多方面，本身就比較復雜和龐大，有時候甚至令人生畏。對于那些想快速了解并且利用這個強大的工具的生物信息學家們來說，有時候面對這一大堆的接口常常會頭痛欲裂。本指南能夠幫助你利用BioJava開發99％常用的程序，而不必為此掌握99％的BioJava接口。
本指南使用多數編程快速指南的格式，采用“我如何使用.....”的主題形式來幫助大家使用BioJava。每個主題都提供你可能會期望并經常使用的源代碼。這些代碼基本上可以直接在你的機器中編譯運行。我盡量詳細注釋這些代碼，讓大家更容易理解程序中可能的一些晦澀代碼。
“BioJava In Anger”由Mark Schreiber維護。任何建議和問題請聯系biojava mailing list。點擊這里訂閱郵件列表。
本指南使用的例子經過BioJava1.3,
Java1.4測試。
本指南中文版由 Wu Xin(Center of
Bioinformatics,Peking University)翻譯,任何翻譯問題請通過郵件列表聯系或者登錄BBS。
我如何使用.......?
安裝
> 安裝Java
> 安裝BioJava
成分表(alphabets)和標記(symbol)
>我如何得到DNA,RNA或蛋白質的成分表?
>我如何用自定義的標記建立自定義的成分表?
>我如何建立雜交產物成分表(cross product alphabet),例如密碼字成分表(codon alphabet)?
>我如何從雜交產物成分表(cross product alphabet)中分解出他們的組成標記(component symbol)?
>我如何判別兩個成分表或兩個標記是否相同?
>我如何建立一個多義標記(ambiguous symbol),例如Y或R?
基本序列操作
>我如何從字串中創建一條序列對象以及將其寫回一條字串?
>我如何從一條序列中得到子序列?
>我如何將DNA序列轉錄到RNA序列?
>我如何得到一條DNA或RNA序列的互補鏈?
>序列是不可變的(immutable),我如何改變它的名字?
>我如何編輯一條序列或者標記鏈(symbollist)?
翻譯(translation)
>我如何將一條DNA或RNA或標記鏈翻譯成蛋白質?
>我如何將單個密碼子翻譯成單個氨基酸?
>我如何使用一個非標準翻譯表?
序列輸入輸出(sequence I/O)
>我如何將序列以FASTA格式輸出?
>我如何讀取FASTA格式的文件?
>我如何讀取GenBank/EMBL/SwissProt格式的文件
>我如何從GenBank/EMBL/SwissProt格式中抽取序列并且以FASTA格式輸出?
>我如何將ABI序列轉化為BioJava序列?
注釋(annotation)
>我如何將一條序列的注釋列出來?
>我如何用物種這個參數(或其他注釋屬性)來篩選序列?
位置和特征(location and
feature)
>我如何指定一個點位置(point location)?
>我如何指定一個域位置(range
location)?
>我如何使用環狀位置(circular location)?
>我如何建立一個特征(feature)?
>我如何以類型為參數篩選特征?
>我如何刪除特征?
BLAST和FASTA
>我如何創建一個BLAST解析器?
>我如何創建一個FASTA解析器?
>我如何從解析結果中抽取信息?
計數和分布(count and
distribution)
>我如何計算序列中的殘基數?
>我如何計算序列中某種標記(symbol)的頻率?
>我如何將計數轉為分布?
>我如何從一種分布中創建一條隨機序列?
>我如何從一種分布中計算熵值?
>我如何能找到一種簡單的方法來判斷兩種分布是否具有相同的權重?
>我如何對一個自定義的成分表創建一個N階分布(order N distribution)?
>我如何將一種分布以XML格式輸出?
權重矩陣和動態規劃(weight matrix
and dynamic programming)
>我如何利用一個權重矩陣尋找模體?
>我如何創建一個隱馬模型譜(profile HMM)?
>我如何建立一個自定義的隱馬模型(HMM)?
用戶界面(user interfaces)
>我如何將注釋和特征以樹狀形式顯示?
>我如何在GUI中顯示一條序列?
>我如何顯示序列標尺?
>我如何顯示特征?
OBDA
>我如何設置BioSQL?
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