我出現這種錯誤是由于開始用netbeans建立某工程，但是刪去了這個工程整個文件夾，導致啟動找不到工程目錄。
在用戶目錄下（我的是C:\Documents and Settings\LuckyStar）有個.netbeans的文件夾，里面有配置文件，使用windows的文件搜索，文件包含文字那一欄（注意不是文件名哦）輸入工程名，開始查找，找出來的文件都刪掉（除了日志文件也就是.log）。就行了。
我找出來的是
C:\Documents and Settings\LuckyStar\.netbeans\5.0\config\J2EE\TargetModules\tomcat55_home__b-1629687096\home__bundled_ho-1459906850目錄下
刪除工程名無擴展名文件
C:\Documents and Settings\LuckyStar\.netbeans\5.0\jakarta-tomcat-5.5.9_base\conf\Catalina\localhost目錄下
刪除ROOT.xml
然后重新啟動一下捆綁tomcat就可以看見沒有錯誤了
當然還有一種更為簡單而且正確的方法就是在運行環境窗口下的服務器－捆綁tomcat－web應用程序下右鍵點擊那個已被刪去的工程選擇卸下，再重啟tomcat就行了，可是有時發生意外就只能用上述的手動方法了，呵呵。
另：netbeans5.0好像如果開著但是好久不用，開啟一些別的程序，再切換到它時，系統資源就占用很大，運行緩慢，硬盤也嘎嘎響，其它IDE就好些，不知怎么回事。