完美的解決方法從辟謠開始：
1）JDOM是否生成UTF-8的文件與Format是否設置無關，只有輸出其他字符編碼才需要設置，見下面的注釋。
2）JDOM輸出UTF-8文件亂碼的根本原因并非在JDOMAPI，而是在JDK。
具體描述：
JDOM的輸出類XMLOutputter有兩個output接口，除了都具有一個Document參數外，分別接受Writer和 OutputStream參數。
這給我們一個錯覺，兩個接口可以任意使用。
首先我們用output(doc,System.out)來做測試，此時得到亂碼，
然后我們改為output(doc,new PrintWriter(System.out))來測試，輸出不是亂碼，
也就是說在控制臺的時候一定要用一個Writer接口包裝一下。
然后我們用output(doc,new FileWriter(path))來做測試，結果卻得到亂碼，
然后我們改為output(doc,new FileOutputStream(path))來測試，輸出不是亂碼，
也就是說在輸出文件的時候一定要用一個OutputStream接口包裝一下。
瘋了吧？呵呵，很搞笑是吧。經過到JDOM的源碼中調試，發現沒有任何問題，問題出在了JDK里面。
JDK內的對應接口處理：
1）PrintWriter類有參數為OutputStream的構造方法，因此可以從System.out包裝到PrintWriter
2）FileWriter類沒有參數為OutputStream的構造方法，因此不能從FileOutputStream包裝到 FileWriter
3）如果PrintWriter類用了參數為Writer的構造方法（Writer實現為FileWriter），最后輸出也是亂碼
4）如果用一個FileOutputStream來包裝一個控制臺輸出，也是亂碼
因此，對于JDK內的各種輸出體系，各種InputStream、OutputStream、reader和writer要充分認識，否則極容易出現一些意想不到的問題。