吳 三桂起兵后，即致書平南王尚可喜、靖南王耿精忠和在貴州、四川、湖北、陜西等地的親朋故舊，煽動反清。此舉在漢族將領中引起強烈的反應。各地漢族將領，或 為遼東軍閥，與吳三桂一榮俱榮，一損俱損；或于清軍進關后被迫降清，與滿族權貴隔閡較深，對朝廷排擠壓抑漢官心懷不滿。他們紛紛響應吳三桂。一場大規模的 反清戰爭爆發了。
貴州四川 吳三桂反清后，首先派兵開赴貴州，貴州提督李本深在安順起兵響應。云貴總督甘文焜見貴陽不可守，率數騎避走， 后受與吳三桂勾結的叛將逼迫，自刎于鎮遠吉祥寺。貴州巡撫曹申吉、黔西總兵官王永清先后降服吳三桂。次年正月，四川巡撫羅森、提督鄭蛟麟、總兵官吳之茂、 譚宏起兵響應吳三桂。吳三桂未打一仗，就輕而易舉地占領了西南云南、貴州、四川三省。
湖南湖北 吳三桂占領西南三省后，立即派大兵進攻湖 南。康熙帝得知吳三桂欲犯湖南，任命順承郡王勒爾錦為寧南靖寇大將軍，統帥八旗兵開赴湖南前線，抵擋吳軍。八旗官兵自入關以后被清朝視為國家的根本，予以 種種優待，養尊處優，已失去當年的銳氣。勒爾錦行動遲緩，三月才抵達荊州，他見吳三桂兵強氣盛，不敢渡江爭鋒，屯兵江北，與吳軍隔江相望。吳三桂招降納 叛，有漢族將領為內應，只用了幾個月的功夫，就占領了沅州、常德、寶慶、長沙、永州、衡州、岳州和湖北松滋地區。吳三桂親到常德督戰，令吳應麒在岳州浚濠 筑壘，又于澧州、長沙布重兵相為犄角，堅守湖南，同時兵分兩路，一路東取江西，一路西出四川，經略湖北及陜甘地區。
福 建 靖南王耿精忠 接到吳三桂煽動反叛的書信后，即囚禁了福建總督范承漠，于康熙十三年（1674年）三月十五日，據福建反清。他攻陷福建延平、邵武、福寧、建寧、汀州諸 府，邀約吳三桂合兵攻打江西，唆使潮州總兵官劉進忠叛擾廣東，又書招臺灣鄭經發兵攻取沿海郡縣，以為聲援。隨后，他兵分三路，東路攻打浙江溫州、臺州、處 州；中路進犯浙江金華、衢州；西路侵擾江西廣信、建昌。又遣兵進犯安徽，侵掠徽州、婺源、祁門，氣勢猖獗。
廣 東 尚可喜雖然跋扈，但在 政治上并無異志。吳三桂叛亂之后，尚可喜逮捕了吳三桂的使者，將逆書呈奏朝廷，并上書表白效忠清朝。他擔心長子尚之信招惹是非，請求朝廷允許以次子尚之孝 襲封。康熙十四年正月，朝廷晉封尚可喜為平南親王，令尚之孝襲封，并任命尚之孝為平南大將軍，尚之信為討寇將軍。
這時，廣東局勢十分危 急，吳三桂在廣東招降納叛，鄭經又發兵助劉進忠入寇。尚之孝迎戰失利，退駐惠州。十五年一月，尚可喜病重，二月，尚之信接受吳三桂招討大將軍偽號，遣心腹 封鎖藩府，幽禁其父。又與鄭經講和，奪尚之孝兵權，使之閑居廣州。十月，尚可喜憂憤而死。從此，尚之信毫無顧忌，更加為非作歹。
廣 西 孔有德死后，其女孔四貞嫁孫延齡為妻。孫延齡因此得授廣西將軍，統轄孔有德所遺部眾，駐鎮桂林。孫延齡年紀輕，資歷淺，不能服眾，都統王永年等人曾聯名彈 劾他。吳三桂叛亂后，康熙帝為安撫孫延齡，封之為撫蠻將軍，命他固守廣西。孫延齡痛恨王永年等人，趁西南出現變亂，于康熙十三年二月殺了王永年等人，監禁 廣西巡撫馬雄鎮，起兵響應吳三桂。五月，他自稱安遠大將軍，派兵攻掠廣西各地。
陜 西 陜西提督王輔臣原為吳三桂藩下總兵官。康熙十三年 八月，王輔臣奉命率兵兩千跟隨大學士、兵部尚書莫洛自陜西向四川進軍，征討吳三桂。十二月，途經寧羌，王輔臣因受到莫洛凌辱，襲殺莫洛，還據平涼，并與吳 三桂通款。吳三桂大喜，急忙給王輔臣送去20萬兩犒師銀，授其為平遠大將軍陜西東路總兵。
王輔臣叛變后，甘肅、陜西一片混亂。固原、定邊、鞏昌、臨洮、蘭州、同州、延綏等地守將先后附敵。
臺 灣 鄭成功死后，長子鄭經繼承延平郡王王位，行招討大將軍事。鄭經奉永歷年號，繼續抗清。他重用陳永華，發展農業生產，解決了征臺大軍的糧食問題。派工匠 教當地居民取土燒瓦，起蓋房屋，發展手工業。又利用臺灣的有利地形，通海貿易，發展商業。他還建孔廟，立學校，考試青年學子，優秀者補六官內都事。這是臺 灣有儒學教育和初級科舉的開始。臺灣在政治經濟諸方面都有了較大發展。
鄭經因臺灣地處一隅，與清朝抗衡元異以卵擊石，不敢大舉進犯東南沿 海。清廷因大局初定，水師力量薄弱，也無法收復臺灣。臺灣這時實際上是處于地方割據狀態。康熙十二年，三藩之亂爆發，鄭經以為有機可趁，立即積極介人。他 與吳三桂、耿精忠取得聯系，于康熙十三年三月親率舟師抵達廈門。【轉自鐵血
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從康熙十二年十一月到康熙十三年底，在吳三桂倡亂以來一年多的時間里，反清戰火迅速蔓延，云南、貴州、四川、廣西、臺灣的全部及福建、陜西、甘肅、湖南、湖北、江西、浙江的部分地區已先后脫離了清政府的控制。清政府處處被動，局面岌岌可危。
（四）平藩戰爭的勝利
三 藩叛亂之后，康熙帝立即派遣滿洲諸王，統帥八旗禁旅前往鎮壓。勒爾錦南下之后，他又先后指派多羅貝勒尚善為安遠靖寇大將軍攻打岳州；安親王岳樂為定遠平寇 大將軍攻打江西；簡親王喇布為揚威大將軍鎮守江南；多羅貝勒洞鄂為定西大將軍，與莫洛合兵由陜西攻打四川；康親王杰書為奉命大將軍、貝子傅喇塔為寧海將 軍，由浙江攻打福建。
與軍事行動相配合，康熙帝還采取了一系列政治攻勢，剿撫并用，分化瓦解三藩。他處決了吳三桂在京的子孫，對耿精忠在 京之弟則十分寬容，派耿聚忠與朝廷官員同赴福建招撫，并反復聲明若耿精忠悔罪投誠，復其王爵，令其照舊鎮守福建。朝廷還一再宣布原吳三桂屬下官民，無論在 各省做官或閑住者，只要與叛亂無涉，雖父子兄弟在云南，概不株連。對立有戰功的綠旗將領，康熙帝也分別予以賞賜，以聯絡感情，緩和朝廷上的滿漢矛盾。
康 熙帝對軍需問題也十分重視。當時有“三吳財富實甲海內”之說，吳三桂倡亂之后，康熙帝即對江南的防守做了周密的安排，并在政治上對江南地主采取靈活的政 策，如準許開銷“奏銷案”黜革的縉紳等等。結果，在平叛戰爭中，江南地區保持穩定，為清政府提供了有效的經濟保障。后來，江寧巡撫曾說過，平叛戰爭軍需取 給于江南不下3000余萬。除此之外，康熙帝還裁減地方經費，加強財政管理；削減官俸，加征官紳田賦，鼓勵官員和富民捐納；改折漕白二糧，增收鹽課；增收 關稅和雜稅，采取種種措施籌集經費，終于在曠日持久的戰爭中逐漸占據了上風。
吳三桂這時年紀已過60，多謀而不善斷，無心進取。他橫穿云 貴，輕取湖南之時，曾有謀士勸他乘勢北渡長江，與清廷爭奪天下，他卻放回折爾肯，付疏至京，希冀索回子孫，與清廷劃他講和。直到康熙帝絞死吳應熊父子，吳 三桂才恍然大悟，嘆曰：“上少年乃能是耶？事決矣。”王輔臣叛變后，叛軍縱橫五省，天下震動，可是，吳三桂仍然一心經略長江以南，企圖與清廷劃江為界，裂 土稱王。正因為如此，康熙十三、十四年，吳三桂雖然在戰場上處于主動，卻未擴大戰果。到了康熙十五年，這種情況開始發生變化。
陜甘戰場 王輔臣為人有勇無謀，他叛變后，踞蹙于平涼一隅，未作進取發展。清政府從北京和湖廠調集兵力，先后收復了綏德、蘭州、鞏昌、延安、定邊諸城，截斷王輔臣與 四川叛軍的聯絡通道。康熙十五年二月，康熙帝任命大學士圖海為撫遠大將軍，負責西北戰事。圖海親至平涼督戰，指揮清軍圍攻平涼，并截斷叛軍餉道，使之坐困 孤城，陷入困境。六月，王輔臣糧盡計窮，不得已派人乞降。康熙帝下詔赦罪。清軍乘勝收復固原、慶陽，西線大捷。
浙贛閩戰場 康熙十四年， 鄭經應耿精忠之約，協同對清作戰，十月，出兵攻陷漳州，并乘勝襲取興化、汀州。十二月，攻取溫州。十五年，鄭經又陸續收復了廣東潮州府和惠州、廣州二府的 一些州縣，勢力達于極盛。六月，他違約偷襲耿精忠的地盤，迫使耿軍自江西前線撤軍回防。清軍乘勢大舉進攻，越過仙霞關，攻克建寧，抵達延平。耿精忠勢蹙出 降，獻出福州，隨同清軍一同攻打鄭經，連克興、泉、汀、漳四州。鄭經勢單力孤，于十六年初敗走廈門。浙江、福建又為清軍所有。
廣東廣西戰 場 耿精忠降清后，孫延齡、尚之信深受震動。孫延齡因有清朝派人招撫，又有部將傅弘烈、妻子孔四貞規勸，決計降清，并于康熙十六年初，派傅弘烈赴江西迎接 清軍。吳三桂偵知孫延齡動向，派從孫吳世琮領兵攻入桂林，殺死孫延齡父子，將孔四貞帶到云南，并派部將留守桂林。不久，孫延齡舊部殺死吳軍守將，投降了清 政府。
尚之信叛清原為爭奪王位，他接受了吳三桂的封號，卻不肯聽從吳三桂調遣，也不派兵攻打清軍。康熙十五年底，尚之信見清軍在福建、廣西進展順利，心中不安。十二月，他派人攜密疏至江西簡親王軍前乞降。十六年三月，清軍進入廣東。廣東平定。
湖 南戰場 湖南是三藩之亂的中心戰場。吳三桂占有湖南后，主力軍一直堅守湖南，清軍頻頻進攻，敗多勝少，始終不能動搖吳三桂。康熙十五年三月，安親王岳樂趁 吳三桂親赴松滋指揮吳軍援助王輔臣之機，攻下醴陵、萍鄉，直逼長沙。吳三桂聞訊，急忙親統大軍自松滋回援。康熙帝命勒爾錦率荊岳大軍渡江南下接應，勒爾錦 行動遲緩，更于途中遇上吳三桂回援大軍，望風潰遁，奔回荊州。
從康熙十五年（1676年）秋季開始，全國形勢發生了逆轉。陜西王輔臣、福建耿精忠先后降清，吳三桂半年之內連失數省，陷于被動挨打的不利局面。但他憑借百戰勁旅，仍然堅守岳州、長沙，屢屢挫敗清軍攻勢。
康 熙十七年（1678年），吳三桂已67歲，起兵反清也有6年了。這時，他勢單力孤，深感日暮途窮，遂決計稱帝封臣，以鼓舞士氣。三月初一，吳三桂在衡州稱 帝，國號周，建元昭武，改衡州為定天府。置百官，大封諸將，僭造新歷，舉云、貴、川、湖鄉試。八月十七日，吳三桂病死于軍中。十月，吳世璠（吳應熊庶子） 迎喪還滇，即帝位，改元洪化。
吳三桂死后，康熙帝督促各路大軍進剿，又遣吳三桂原下屬赴各地軍前招撫。吳世璠憑借吳三桂多年來在西南地區 蓄積的力量，與清軍在湖南、貴州、四川等地相持數年，直到康熙二十年（1681年），清軍才最后攻下吳氏老巢昆明，吳世璠自殺。清軍進入昆明后，戮吳世璠 尸，傳首京師。
吳氏滅亡之前，三藩當中的尚之信已于康熙十九年閏八月被清朝賜死于廣州。耿精忠于清軍攻克昆明后的第二年正月被凌遲處死。孫延齡之妻孔四貞被清軍帶回京師，默默無聞地了此一生。王輔臣則畏罪自殺。
至此，延續8年之久，戰火波及十幾個省區的三藩之亂被徹底平息了。年輕的康熙皇帝親自指揮了這場戰爭，并最終取得勝利。這使他的政治聲望大為提高，康熙帝的統治鞏固了。