下面摘自??
http://xiushen.com/blog/read.php/114.htm ，說明了BOM的存在對PHP腳本的影響
如果您在修改任何PHP文件后發生：
??* 不能登入或者不能登出；
??* 頁頂出現一條空白；
??* 頁頂出現錯誤警告；
??* 其它不正常的情況。
則多半是編輯器的問題。
本程序采用UTF-8編碼。現在幾乎所有的文本編輯軟件都可以顯示并編輯UTF-8編碼的文件。但是很遺憾，其中很多軟件的表現并不理想。
類似WINDOWS自帶的記事本等軟件，在保存一個以UTF-8編碼的文件時，會在文件開始的地方插入三個不可見的字符（0xEF 0xBB 0xBF，即BOM）。它是一串隱藏的字符，用于讓記事本等編輯器識別這個文件是否以UTF-8編碼。對于一般的文件，這樣并不會產生什么麻煩。但對于 PHP來說，BOM是個大麻煩。
PHP并不會忽略BOM，所以在讀取、包含或者引用這些文件時，會把BOM作為該文件開頭正文的一部分。根據嵌入式語言的特點，這串字符將被直接執行（顯示）出來。由此造成即使頁面的 top padding 設置為0，也無法讓整個網頁緊貼瀏覽器頂部，因為在html一開頭有這3個字符呢！
最大的麻煩還不是這個。受COOKIE送出機制的限制，在這些文件開頭已經有BOM的文件中，COOKIE無法送出（因為在COOKIE送出前PHP已經送出了文件頭），所以登入和登出功能失效。一切依賴COOKIE、SESSION實現的功能全部無效。
因此，在編輯、更改任何文本文件時，請務必使用不會亂加BOM的編輯器。Linux下的編輯器應該都沒有這個問題。WINDOWS下，請勿使用記事本等編輯器。推薦的編輯器是： Editplus 2.12版本以上； EmEditor； UltraEdit（需要取消‘添加BOM’的相關選項）； Dreamweaver（需要取消‘添加BOM’的相關選項）等。
對于已經添加了BOM的文件，要取消的話，可以用以上編輯器另存一次。（Editplus需要先另存為gb，再另存為UTF-8。）
下面一段摘自
http://forums.mozine.org/index.php?showtopic=556 ，說明了BOM對 mozilla 插件制作過程中對BOM的要求：
選擇編輯器
要編輯中文語言檔案，你必需要有合適的編輯器。Mozilla 有些特定的文件格式要求，所以你的編輯器最少要有以下的功能：
1. 支援 UTF-8
文字檔型
2. 可選擇文件是否要有萬國碼檔案
簽名 BOM (Byte Order Mark, U+FEFF)
3. 支援逸出萬國碼 (escaped Unicode，\uXXXX) 的文字編碼
可惜的是在 Windows 2000 與 XP 上的 Notepad 沒有第二項的支持，所以你必須用其它的編輯器。以下是一些建議：
1. UniRed : freeware，很好用
2. SC UniPad: 測試版有字元數限制，正式版
太貴了，功能好但可能不適用。
這些程序的使用請參見 Mozilla 地方化的工具。
2. .dtd 文件是 UTF-8 格式，注意 .dtd 文件不得有 BOM 開頭字元
總結：自由軟件領域，好像對BOM都非常不適應，而svn的作者可能是覺得沒必要
處理BOM也可以正確處理UTF-8文檔，所以就這么干了。只是比較郁悶的是，我無法使用我最愛的編輯器了：記事本