這篇教程接著基礎篇和推理篇，對于基礎篇和推理篇解釋的步驟這里不在重復解釋。不知道的朋友請先看基礎篇和推理篇來熟悉基本操作步驟。點擊這里參照新手入門基礎篇和推理篇 在本篇進階片教程中主要是介紹個體的編輯(Individuals)，查詢插件(QueriesTab)的用法以及將編輯好的本體存儲到數據庫中(Owl Database)。對于Owl數據庫我這里采用Mysql(對于其他的數據庫請到官方網站查詢)。
步驟1：這里要用到推理篇中保存的項目。沒有的朋友請點擊這里下載。打開推理篇中保存的newAnimal。根據推理機的推理我們知道了Lion是肉食動物，所以我們將其移到Carnivore肉食動物的下面作為它的子類
步驟2：建立動物園的類Zoo。然后在屬性編輯器中編輯一個新的datatype property(數據性屬性)Address,設它的定義域是類Zoo，設它的值域是xsd:string,在rdfs:comment中注釋該屬性表示地址。同樣我們編輯一個新的datatype property(數據性屬性)Tel,設它的定義域是類Zoo，設它的值域是xsd:string。在rdfs:comment中注釋該屬性表示電話號碼。注意給定義域添加類的時候是用Add named Class(es),Domain后面的第2個按鈕，而不是第一個。第一個按鈕是新建一個類并給作為定義域時用。
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步驟3：建立類Zoo個體。選擇Individuals編輯器。在選擇左邊Zoo類的情況下，點擊INSTANCE BROWSER中的.jpg)
按鈕，出現了一個個體實例，在INSTANCE EDITOR中將它的名字變為Beijing_Zoo。在下方的屬性Address中點擊加號，輸入地址。這里作為例子輸入Beijing Xizhimen Road，并選擇en。屬性Tel中輸入010-12345678，并選擇en。同樣的方法，創建另外2個個體實例Shanghai_Zoo和Tianjin_Zoo。屬性Address和Tel請任意輸入。這樣我們就創建了3個Zoo的個體實例。
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步驟4：建立動物個體。在建立動物個體之前，前建立一個對象性屬性Belonging，它的定義域是Animal，值域是Zoo。回到Individuals編輯器中，在選擇類Giaffe的情況下，建立一個個體實例，命名為Lanlan。在下方的Belonging屬性中點擊加號，在彈出的對話框中選擇Beijing_zoo。同樣的方法，建立2個個體實例讓它們本別屬于Shanghai_zoo和Tianjin_zoo。然后在建立3個Lion類的個體實例,BeiLion,ShangLion,TianLion讓它們分別屬于3個動物園。這樣我們就可以進行下一步，用查詢表單來查詢。
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步驟5：使用查詢插件。點擊菜單中的Project–>Configure 在出現的對話框中選擇QueriesTab前加上對勾。然后就會出現Queries標簽，選擇這個標簽就會出現查詢界面。最初我們只在Class中加入Animal然后點擊Find。查詢結果會在右邊的Search Results中出現，如下圖。然后將這個查詢保留，可以在以后利用。我們點擊在下方的Query Name中輸入?Animal然后點擊Add to Query Library按鈕。這樣這個查詢方式就被儲存到Query Library中。
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步驟6：利用Query Library中保存的查詢方式進行進一步查詢。點擊Query Library中的?Animal并點擊.jpg)
按鈕。可以調用這個查詢方式，在這里因為我們剛剛存儲了這個方式，所以上面的Query中不會有變化。我們在Slot中選擇Belonging然后選擇contains最后選擇Beijing_zoo。點擊Find 就會出現我們查找的結果。可以將這個查詢方式存儲為?Animal_belong_BeijingZoo。當然并非每個查詢方式都需要儲存，實際操作中按照自己的需要存儲即可。
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步驟6：將本體存儲到數據庫中。這里我們使用Mysql。先做準備工作，因為需要Mysql所以沒有的朋友請先安裝。Mysql在Windows，linux等的安裝方法在許多網站都有十分詳細的介紹，我在這里就不再重復了，請到網上查詢一下，最好安裝官方推薦的版本。安裝完后首先建立一個protege的數據庫，步驟如下
Welcome to the MySQL monitor. Commands end with ; or \g.
Your MySQL connection id is 10 to server version: 3.23.55-max
Type 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the buffer.
//建立一個名字叫protege_db的數據庫。
mysql> create database protege_db;
Query OK, 1 row affected (0.00 sec)
//建立一個在localhost的用戶protegeuser，密碼為protegeuserpwd。并把protege_db的所有權限給他。
mysql> grant all privileges on protege_db.* to protegeuser@localhost identified by 'protegeuserpwd';
//使上述變更在服務器上有效。
mysql> flush privileges;
Query OK, 0 rows affected (0.07 sec)
//退出mysql
mysql> exit
這里不用創建表格，protege會自動創建。請確認你的mysql服務是運行的，否則將不能儲存到數據庫。接下來還需要下載JDBC驅動程序，它的作用是將protege和數據庫連接起來。點擊這里下載JDBC驅動程序。下載完后展開，其中有一個mysql-connector-java-3.1.12-bin.jar文件，將其復制到protege的安裝目錄中(注意不是插件目錄)，然后將它的名字變為driver.jar。然后回到protege中，選擇菜單File–>Convert Project to Format...在彈出的對話框中選擇OWL Database。
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彈出的Owl Database對話框中按照下面規定填寫。
Project 項目的名稱?？梢匀我馊?。這里用newAnimalok.pprj
Driver Class Name 中添入 com.mysql.jdbc.Driver
JDBC URL 添入jdbc:mysql://+mysql服務器地址+數據庫名稱 這里用的是本地機，所以使用localhost
數據庫為剛才創建的protege_db。所以添入jdbc:mysql://localhost/protege_db
Table 數據庫中的表格名，可任意填寫但不能與相同數據庫中的表格重名，否則覆蓋。這里用Animal
Username 數據庫用戶名。這里用protegeuser
Password 數據庫用戶密碼。這里用protegeuserpwd
然后點擊OK。如果出現錯誤，請參見The JDBC driver is not on the Classpath的錯誤，請參見錯誤提示的解決辦法
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確認mysql
//用protegeuser登陸數據庫，在Enter password:后輸入密碼
mysql -u protegeuser -p
Enter password:
Welcome to the MySQL monitor. Commands end with ; or \g.
Your MySQL connection id is 14 to server version: 3.23.55-max
Type 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the buffer.
//使用protege_db數據庫
mysql> use protege_db;
Reading table information for completion of table and column names
You can turn off this feature to get a quicker startup with -A
Database changed
//查看Animal表格
mysql> select * from Animal;
+-------+------------+-------+-------+-------------+-------------+------------+
| frame | frame_type | slot | facet | is_template | value_index | value_type |
+-------+------------+-------+-------+-------------+-------------+------------
| 13373 | 5 | 13296 | 0 | 0 | 0 | 3 |
可以看到owl本體已經存儲到了數據庫中。其中的各個參數均為protege預定義，點擊這里查看各個參數的詳情 通過以上的做法可以將我們做的本體儲存到數據庫中。然后通過數據庫來訪問本體數據。Owl Database的配置一次后下一次就可以直接使用，只要使用命名為別的表格即可。