企業之所以使用工作流管理系統的目的，不外乎有三個：一是作為企業應用系統集成（EAI）的平臺。二是協助涉及多人相關任務工作流軟件的開發。三是將工作流引擎嵌入到其他應用中。實際上當前國內大部分知名工作流是以這些作為功能的核心，代表產品如工作流開發軟件intelliFlow、myApps（天翎）、AquaLogic以及工作流應用軟件BizFocus-Design、SynchroFLOW等等。

在當今大部分企業IT架構中，企業內網中運行著各種各樣的結構應用和數據庫。在這些系統被應用到組織時，都有一個清晰的目標。例如，客戶管理、財務管理、物料管理、倉庫管理、生產管理等等等。這些系統即為專門應用。當企業為某種目的而結合所有的專門應用時，就可以使用工作流系統構建一個EAI平臺。這是第一個目的。
    當企業（如系統開發商）在開發維護產品時會涉及到很多相關任務流程，為了協助涉及多人相關任務工作流軟件的開發，企業一般都要用上工作流系統管理，而大部分工作流系統都有一個方便的機制，來生成執行任務的表單。另外對于專注于ISO 或者CMM認證的組織，采用這種方式使用工作流系統能夠顯著提高生產率。不用將過程用文字的形式寫在紙上，工作流系統使你通過流程定義建模實現過程的自動化，這工作流系統第二個目的：
    一個公司的內部系統運行往往牽涉多多種的專門應用軟件，為了整合這些應用軟件，企業可以將工作流引擎嵌入到其他應用中。當然開發專門應用的公司也可以將工作流引擎嵌入到他們的軟件中。在這里，工作流引擎只是作為一個軟件組件，對于應用的最終用戶是不可見的。將工作流引擎嵌入到應用中的主要原因是為了應用軟件的可維護性及整合性。