在 < 3.23.50 版本的 InnoDB 中，不可以使用 ALTER TABLE 或 CREATE INDEX 來修改一個已經有了外鍵約束或參考了外鍵約束的表。使用 DROP TABLE 和 CREATE TABLE 來代替它。
不可以將 MySQL 系統表(如 'user' 或 'host' )轉換成 InnoDB 類型。系統表必須總是為 MyISAM 類型的。
InnoDB 表不支持全文搜索(fulltext search)。
MySQL 以自動提交模式(autocommit mode)執行復制(replication)。因此slave中的 consistent reads 可能看起來你部分處理過的事務，所以在 slave 中這種讀取(read)并不是真正的 consistent 。這個限制在 3.23.52 不再存在。
InnoDB 在內部不保存一個表記錄總數，這是由于 multiversioning 的原因使它實現有點復雜。
為了響應一個查詢 SELECT COUNT(*) FROM T ，InnoDB 不得不掃描表的一個索引，如果表沒有完全在緩沖池中這將花費一些時間。 為了得到更快的計數你不得不使用自己創建一個計數表，讓你的應用程序在插入與刪除時自己更新它。 消除因鎖等待引起的瓶頸的一個方法就是創建整體的計數器集。應用程序可以隨機地每次選擇一個。 為了得到計數，僅僅只要對計數器求和：SELECT SUM(counter_column) FROM your_counter_table。
表中有 auto-increment 列的必須為它定義一個鍵，這個鍵必須僅僅包含這個 auto-increment 列。InnoDB 不支持在一個 CREATE TABLE 語句中使用 AUTO_INCREMENT=... 。這個子句是為了給一個 auto-increment 列設置第一個值(默認的第一個值為 1)。工作區(Workaround)：向自增列中插入一個指定的值做為第一個值。從此，InnoDB 將從這值開始增加。
SHOW TABLE STATUS 不能給出 InnoDB 表的精密統計數據，除了由表保留的物理大小之外。記錄行數只能通過一個優化的 SQL 來獲得大致的估計。
在 MySQL 中復制(replication)中，load table from master 仍然不能在 InnoDB 表中工作。 在主(master)服務器中開設一個工作區(workaround )用于將表轉換成 MyISAM 型，然后再進行 load，之后再在 master 中將表改回 InnoDB 類型。
如果以一個列的前面部分建立索引：
CREATE TABLE T (A CHAR(20), B INT, INDEX T_IND (A(5))) TYPE = InnoDB;
InnoDB 將內在的在整個列上建立一個索引，而不是僅以設定的首部分。
InnoDB 表不支持 INSERT DELAYED 。
MySQL 的 LOCK TABLES 操作無法知道一個 SQL 語句已完成對 InnoDB 的行鎖定：這就意味著即使已有其它用戶的事務在同一張表上設置了行鎖，你仍然會鎖定該表。 所以你在這張表上的操作與其它用戶的鎖定沖突則不得不等待。同樣死鎖也是可能的。無論如何， 這能事務完整性(transaction integrity)并不危險，因為 InnoDB 設置的行級鎖定通常會照顧完整性(integrity)的。同樣，一個表級鎖定可以防止其它事務在表上獲得更多的行級鎖定(鎖定模式不一致)。
在 BLOB 或 TEXT 字段上無法設置索引。
一張表不可以有超過 1000 個字段。
DELETE FROM TABLE 除了刪除所有記錄行之外不再重建表，一個接一個地刪除，這并不那么快。在將來的 MySQL 版本中可以使用 TRUNCATE ，這是相當快的。
在 <= 3.23.43 的 InnoDB 中，在對 InnoDB 表調用 DROP DATABASE 之前，必須調用 DROP TABLE 來移除(drop) 個體的 InnoDB 表。這個限制在 >= 3.23.44 的版本中不再存在。
InnoDB 默認的數據庫頁面大小為 16 kB。通過重新編譯源代碼可以設置為 8 kB 到 64 kB。你必須在 univ.i 中更新 UNIV_PAGE_SIZE 和 UNIV_PAGE_SIZE_SHIFT 。在版本 <= 3.23.39a 的 InnoDB中，最大記錄行長度為比數據庫頁面長度的一半稍小點。從源釋放版本 3.23.39b (但是在
MySQL -Max 3.23.40 二進制釋放版本中仍然沒有)開始， BLOB 和 TEXT 字段允許 < 4 GB，整個行長度同樣 < 4 GB。InnoDB 不在分開的頁面中存儲尺寸 <= 128 bytes 的字段。在 InnoDB 通過將長字段存儲在分開的頁面上修改記錄后，剩余的記錄行長度必須小于數據庫頁面的一半。最大鍵長為 500 bytes。
日志文件的總尺寸必須 < 4 GB。
最大表空間尺寸為數據庫頁面的 4 十億(billion)倍。這同樣也是一個表的最大尺寸。最小表空間為 10 MB。